I-02 Projektový zámer (projektovy_zamer)

V súlade s vyhláškou MIRRI č. 401/2023 Z.z. v znení neskorších predpisov je tento výstup I-02 Projektový zámer určený na rozpracovanie detailných informácií prípravnej a iniciačnej fázy projektu z pohľadu aktuálneho stavu, budúceho stavu a navrhovaného riešenia.

34

35

36

Dokument Projektový zámer obsahuje manažérske zhrnutie, rozsah, ciele a motiváciu na realizáciu projektu, zainteresované strany, návrh merateľných ukazovateľov a detailný opis projektových výstupov, predpokladov, rozpočtu a prínosov, harmonogram, vyhodnotenie rizík a závislostí, architektúru riešenia, vyhodnotenie alternatív, špecifikáciu a klasifikáciu údajov, požiadavky na prevádzku, požiadavky na infraštruktúru, zdrojové kódy a opis implementácie projektu a preberania výstupov projektu v zmysle šablóny definovanej MIRRI.

37

38

39

== 2.1 Použité skratky a pojmy ==

40

41

|**SKRATKA/POJEM**|**POPIS**

42

|API|Application Programming Interface (Komunikačný protokol aplikácie)

43

|CVTI SR|Centrum vedecko-technických informácií Slovenskej republiky

44

|DCVaV|Dátové centrum pre výskum a vývoj

45

|EOSC|European Open Science Cloud

46

|HW|Hardvér

47

|ID|Identifikátor

48

|IKT|Informačno-komunikačné technológie

49

|ISVS|Informačný systém verejnej správy

50

|IT|Informačné technológie

51

|MIRRI SR|Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie Slovenskej republiky

52

|MŠVVaM SR|Ministerstvo školstva, výskumu, vývoja a mládeže Slovenskej republiky

53

|MVP|Minimum viable product

54

|NCBio|Národné centrum pre bioinformatiku

55

|NGS|Next Generation Sequencing

56

|NKIVS|Národná koncepcia informatizácie verejnej správy

57

|SLA|Zmluva o podpore a prevádzke

58

|SW|Softvér

59

|PM|Projektový manažér

60

|UK|Univerzita Komenského v Bratislave

61

|VaV|Veda a výskum

62

|VO|Verejné obstarávanie

63

64

//Tabuľka 1 Skratky a pojmy//

65

66

== 2.2 Konvencie pre typy požiadaviek ==

67

68

Hlavné kategórie požiadaviek v zmysle katalógu požiadaviek, rozdeľujeme na funkčné (funkcionálne), nefunkčné (kvalitatívne, výkonové a pod.). Podskupiny v hlavných kategóriách je možné rozšíriť podľa potrieb projektu, napríklad:

69

70

**Funkcionálne (používateľské) požiadavky **majú nasledovnú konvenciu:

**FRxx**

* F – funkcionálna alebo používateľská požiadavka

75

* R – označenie požiadavky

76

* xx – číslo požiadavky

77

78

**Nefunkčné (kvalitatívne, výkonové - Non Functional Requirements - NFR) požiadavky** majú nasledovnú konvenciu:

**N__F__Rxx**

* N – nefunkčná požiadavka (NFR)

83

* R – označenie požiadavky

84

* xx – číslo požiadavky

85

86

Ostatné typy požiadaviek môžu byť ďalej definované Objednávateľom/PM.

87

88

89

= 3. DEFINOVANIE PROJEKTU =

90

91

92

== 3.1 Manažérske zhrnutie ==

93

94

Národný projekt VABIS je zameraný na vybudovanie odborného a analytického zázemia pre systematické spracovanie komplexných biologických a genomických údajov. Jeho cieľom je vytvoriť metodické a analytické postupy, ktoré výskumníkom, pedagógom a ďalším odborníkom poskytnú spoľahlivé a overené nástroje na prácu s biologickými dátami v súlade s najnovšími vedeckými štandardmi. Kľúčovým výstupom bude digitálna genomická mapa slovenskej populácie založená na spracovaní celogenómových údajov z reálnych vzoriek, ktorá sa stane rozšíriteľným a opakovane využiteľným zdrojom pre výskum, vzdelávanie aj tvorbu verejných politík.

95

96

Významným podnetom pre realizáciu projektu bolo nedávne založenie **Národného centra pre bioinformatiku (NCBio)** v rámci organizačnej štruktúry CVTI SR v roku 2025, ktoré vzniklo ako reakcia na rastúce potreby v oblasti spracovania, archivácie a analýzy veľkých biologických a genomických dát s ohľadom na ich špecifickú povahu. NCBio je budované ako národná kompetenčná autorita pre bioinformatiku a spracovanie biologických údajov, s cieľom systematicky rozvíjať odborné kapacity, podporovať vedeckú komunitu a zabezpečiť napojenie Slovenska na medzinárodné iniciatívy ako ELIXIR, EOSC či 1+Million Genomes Initiative. Realizácia tohto národného projektu je kľúčová pre naplnenie poslania NCBio, ktoré sa stane centrálnou platformou pre akademickú a výskumnú komunitu v oblasti spracovania biologických dát na Slovensku.

97

98

Unikátne postavenie CVTI SR v oblasti národného aj medzinárodného výskumu je ukotvené v nasledovných strategických a legislatívnych dokumentoch:

99

100

* Zriaďovacia listina CVTI SR

101

* Vydaná Ministerstvom školstva, vedy, výskumu a športu SR – Upravuje postavenie CVTI SR ako štátnej príspevkovej organizácie s národnou pôsobnosťou v oblasti vedecko-technických informácií, podpory výskumu a inovácií, a prevádzky výpočtovej infraštruktúry.

102

* Zákon č. 172/2005 Z. z. o organizácii štátnej podpory výskumu a vývoja – Upravuje úlohy a nástroje verejnej podpory v oblasti VVaI. CVTI SR v ňom vystupuje ako súčasť národného systému podpory výskumu.

103

* Program Slovensko 2021–2027 (verzia schválená EK) – V rámci Prioritnej osi 1 a špecifického cieľa 1.1 (Posilnenie výskumnej a inovačnej kapacity a zavádzanie pokročilých technológií) je zdôraznená potreba podpory národnej infraštruktúry pre vedu a výskum – CVTI SR vystupuje ako hlavný koordinátor a prijímateľ v oblasti výpočtovej a dátovej infraštruktúry.

104

* Stratégia výskumu a inovácií pre inteligentnú špecializáciu Slovenskej republiky (RIS3 SK) – Definuje CVTI SR ako správcu a národného koordinátora výskumnej infraštruktúry vrátane dátovej podpory a otvorenej vedy.

105

* Národná stratégia otvorenej vedy (MŠVVaŠ SR, 2021) – CVTI SR je uvedené ako národný referenčný bod pre oblasť otvoreného prístupu k vedeckým informáciám a ich uchovávaniu

106

* Slovensko je zapojené cez CVTI SR do viacerých európskych iniciatív v oblasti výskumných dát, ako napríklad spomínaný EOSC – European Open Science Cloud, ELIXIR - European life-sciences infrastructure for biological information alebo OpenAIRE - Open Access Infrastructure for Research in Europe. CVTI SR zastáva kľúčovú úlohu v rámci EOSC nielen ako poverená organizácia v EOSC asociácii, národná EOSC kancelária na Slovensku ale aj jeden z 13 európskych kandidátskych uzlov pilotnej fázy budovania EOSC federácie

107

* Národné centrum bioinformatiky zaradené k organizačnej štruktúre CVTI SR na základe dodatku č. 3 k Organizačnému poriadku Centra vedecko-technických informácií Slovenskej republiky

108

109

Projekt vytvorí reprezentatívne referenčné dátové súbory, ktoré budú slúžiť ako základ pre analýzu genetickej variability, populačných charakteristík a ich súvislostí s fenotypovými prejavmi. Zároveň prinesie vývoj štandardizovaných bioanalytických metodík umožňujúcich transparentnú a replikovateľnú prácu s objemnými genomickými dátami, od vstupného spracovania a kontroly kvality cez volanie , anotáciu a interpretáciu variantov až po agregáciu a populačné analýzy. Tieto metodiky budú dostupné aj vo forme edukačných materiálov, čím sa stanú základom pre výučbu a metodickú harmonizáciu v rámci slovenského výskumného prostredia.

110

111

Platforma bude zároveň slúžiť ako technologický a dátový pilier Národného centra pre bioinformatiku (NCBio) pri CVTI SR, ktoré zabezpečí dlhodobú prevádzku, koordináciu odborných aktivít a integráciu Slovenska do medzinárodných vedecko-výskumných sietí.

112

113

114

**Projekt priamo prispieva k napĺňaniu cieľov Programu Slovensko - Prioritnej osi 1 – Inteligentnejšia a konkurencieschopnejšia ekonomika Slovenska, najmä v rámci:**

115

116

**Špecifického cieľa 1.1: „Posilnenie výskumnej a inovačnej kapacity a zavádzanie pokročilých technológií“**

117

118

119

Projekt je v súlade s nasledujúcimi národnými strategickými dokumentmi:

120

121

* RIS3 SK 2021+ – podpora kľúčových technológií (genomika, digitálne technológie) a ich využitie v prospech rozvoja vedy a výskumu

122

* Národná stratégia otvorenej vedy – budovanie infraštruktúr pre štandardizované spracovanie, zdieľanie a opätovné využitie vedeckých dát.

123

* Stratégia digitálnej transformácie Slovenska 2030– Rozvoj digitálnej ekonomiky, spoločnosti a verejnej správy so zohľadnením potrieb vedy, výskumu, bioinformatiky a dátovej analytiky.

124

125

Projekt je realizovaný v partnerstve dvoch inštitúcií, ktoré predstavujú významných aktérov vo výskumno-vzdelávacom ekosystéme Slovenskej republiky:

126

127

* **Centrum vedecko-technických informácií SR (CVTI SR)** – ako hlavný žiadateľ a koordinátor národného projektu, ktorý zabezpečuje koordináciu, dátovú a IT infraštruktúru a zohľadňuje strategické ciele Programu Slovensko.

128

* **Vedecký park Univerzity Komenského v Bratislave** – ako odborný partner so špecializáciou na výskum v oblasti bioinformatiky a genomiky, ktorý prispel k návrhu riešenia z pohľadu spracovania, analýzy a interpretácie genomických údajov.

129

130

Vedecký park Univerzity Komenského (VP UK) predstavuje excelentné výskumné a inovačné centrum, ktorého cieľom je podpora výskumu, vývoja a transferu výsledkov výskumu do praxe. VP UK disponuje rozsiahlym portfóliom partnerstiev, vrátane medzinárodných univerzít a výskumných inštitúcií, s ktorými spolupracoval na viacerých projektoch, zameraných aj na rozvoj bioinformatických prístupov v oblasti spracovania genomických dát. VP -- --UK tak predstavuje unikátne centrum excelentného výskumu v oblasti genomiky, bioinformatiky a aplikovaného vývoja analytických metodík pre spracovanie biologických údajov. Nemenej dôležitým prvkom VP UK je aj kolektív skúsených vedecko-výskumných pracovníkov v oblastiach bioinformatiky, informačných technológií a molekulárnej biológie, ktorý predstavuje jedinečnú súčasť odborných kapacít projektu VABIS.

131

132

VP UK disponuje infraštruktúrou zodpovedajúcou medzinárodným štandardom. Jeho Genomické centrum, vybavené najmodernejšími prístrojmi na genomickú analýzu, vrátane sekvenátorov novej generácie, je obzvlášť významné pre potreby navrhovaného projektu. Vedecký park zabezpečuje nielen technickú infraštruktúru, ale aj výpočtové kapacity nevyhnutné na úspešnú realizáciu sekvenačných experimentov.

133

134

V rámci projektu budú využívané dátové súbory získané digitalizáciou biologického materiálu modernými DNA sekvenátoemi druhej generácie. Laboratórium VP UK je vybavené potrebnými zariadeniami na prípravu vzoriek a realizáciu sekvenovania nukleových kyselín, vrátane viacerých PCR cyklérov, real-time PCR systému, systémov na analýzu kvality knižníc, fluorimetra Qubit na kvantifikáciu nukleových kyselín, rôznych centrifúg a ďalšieho štandardného laboratórneho vybavenia.

135

136

137

== 3.2 Motivácia a rozsah projektu ==

138

139

Slovenský výskum v oblasti molekulárnej biológie, genetiky a digitálnej medicíny aktuálne čelí značným prekážkam, ktoré bránia plnému využitiu potenciálu rozsiahlych biologických dát. Hlavnou motiváciou pre realizáciu tohto projektu je preto prekonať existujúci nedostatok špecializovaných metodík a nástrojov pre efektívne spracovanie, interpretáciu a prezentáciu genomických údajov. Kým vyspelé krajiny EÚ už bežne využívajú osvedčené a interoperabilné bioinformatické postupy, Slovensku chýba systematický vývoj a validácia takýchto riešení, ktoré by zohľadňovali špecifiká domáceho výskumného prostredia a zároveň boli plne kompatibilné s medzinárodnými štandardmi.

140

141

Tento projekt je poháňaný jasnými hnacími prvkami, ktoré sú priamo prepojené s jeho ambicióznymi cieľmi. Systematizácia bioinformatických prístupov je kľúčovým hnacím prvkom, ktorý umožní efektívne spracovanie a správu veľkoobjemových biologických a genomických údajov, čo je nevyhnutné pre akýkoľvek pokrok v tejto oblasti. Následne posilnenie výskumu biologických dát na Slovensku nie je len ambíciou, ale priamym dôsledkom lepšieho riadenia dát a prístupu k moderným nástrojom. Ďalším dôležitým hnacím prvkom je sprístupnenie zahraničných databáz, ktoré je cieľom, aby sa výskumníci mohli plne zapojiť do globálneho vedeckého kontextu a porovnávať svoje zistenia s medzinárodnými štandardami. Predovšetkým však projekt poháňa primárny a sekundárny výskum genetických informácií slovenskej populácie, ktorý je úzko spojený s cieľom vytvorenia slovenského referenčného genómu a výskumom populačnej diverzity a evolučných trendov. S tým súvisí aj kritický aspekt bezpečného uloženia týchto citlivých genetických informácií, ktorý podčiarkuje celkovú podporu výskumnej činnosti a zodpovedný prístup k vede. Realizácia projektu je teda strategickým krokom k modernizácii slovenského vedeckého prostredia a k integrácii do globálneho genomického výskumu, čím sa otvárajú dvere pre nové objavy v oblasti zdravia a biológie.

142

143

144

Projekt VABIS adresuje nasledujúce nedostatky súčasného stavu:

145

146

* **Obmedzený prístup slovenských výskumníkov** k rozsiahlym dátovým zdrojom a štandardizovaným analytickým nástrojom potrebným pre rozvoj moderného biologického a biomedicínskeho výskumu.

147

* **Absencia centralizovanej národnej platformy** pre systematický zber, správu, agregáciu, štandardizáciu a zdieľanie veľkých biologických a genomických dát s vysokou vedeckou hodnotou

148

* **Nedostatočné technologické zázemie** pre spracovanie vysokokapacitných biologických údajov a ich integráciu do európskych výskumných infraštruktúr (ELIXIR, EOSC, 1+Million Genomes Initiative).

149

** Absencia interoperabilných rozhraní --slovenské --__slovenských __bioinformatických nástroj__ov__--e-- a dátových repozitárov podľa EOSC štandardov

150

** Absencia bezpečnostných mechanizmov a postupov pre cezhraničné zdieľanie alebo anonymizáciu citlivých bioinformatických dát

151

* **Poddimenzované možnosti štúdia a prípravy odborníkov v bioinformatike**, čo vedie k nedostatku kvalifikovaných ľudských zdrojov pre spracovanie a interpretáciu veľkých biologických dát.

152

* **Slabá medzinárodná integrácia slovenského výskumného priestoru**, spôsobená absenciou kompatibilných systémov pre výmenu dát a analytických výsledkov so zahraničnými partnermi.

153

* **Nízka miera využitia biologických a genomických dát** v akademickej aj komerčnej sfére v dôsledku chýbajúcej infraštruktúry a podpory pre ich spracovanie a analýzu.

154

* **Kapacity na dlhodobé a bezpečné uchovávanie citlivých genomických dát** - Dáta, ktoré majú hodnotu v rámci národného aj medzinárodného výskumu, musia byť zabezpečené v súlade s najvyššími štandardmi ochrany osobných údajov a ochrany pred kybernetickými hrozbami. Zabezpečenie dlhodobej archivácie a prístupnosti týchto dát je kľúčové pre pokračovanie a rozvoj výskumu v oblasti genomiky.

155

* **Fragmentácia dátových tokov a neštandardizované prístupy vo výskume** - V súčasnosti je v Slovenskej republike prítomná fragmentácia dátových tokov a neštandardizované prístupy v akademickej aj translačnej fáze, čo vedie k nejednotnému spracovaniu a interpretácii genomických dát. Nedostatok jednotného rámca pre spracovanie a zdieľanie týchto dát obmedzuje efektívnosť výskumu, ako aj aplikácie týchto výsledkov v klinickej praxi.

156

157

[[image:1757282221362-833.png]]

158

159

//Obrázok 1 Náhľad motivačnej vrstvy architektúry//

160

161

162

== 3.3 Zainteresované strany (Stakeholderi) ==

163

164

165

|**ID**|**AKTÉR / STAKEHOLDER**|(% style="width:127px" %)(((

**SUBJEKT**

(názov / skratka)

)))|(% style="width:608px" %)**ROLA**

170

|1.|Ministerstvo školstva, výskumu, vývoja a mládeže Slovenskej republiky|(% style="width:127px" %)MŠVVaM SR |(% style="width:608px" %)Ústredný orgán štátnej správy a koordinátor budovania informačných systémov pre potreby vedy a techniky

171

|2.|Centrum vedecko-technických informácií SR|(% style="width:127px" %)CVTI SR |(% style="width:608px" %)Národné informačné centrum a národná vedecká knižnica

172

|3.|Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie SR |(% style="width:127px" %)MIRRI SR |(% style="width:608px" %)Orgán vedenia v oblasti informatizácie

173

|4.|Výskumníci, knihovníci|(% style="width:127px" %)G2E|(% style="width:608px" %)Konzument údajov

174

|5.|Univerzita Komenského v Bratislave|(% style="width:127px" %)UK|(% style="width:608px" %)Vedecko-výskumný partner

175

176

//Tabuľka 2 Zainteresované strany (Stakeholderi)//

177

178

179

== 3.4 Ciele projektu ==

180

181

182

|**ID**|**Názov cieľa**|**Názov strategického cieľa**|**Spôsob realizácie strategického cieľa**

183

|ID1|RCO07 Výskumné organizácie zúčastňujúce sa na spoločných výskumných projektoch|RSO1.1 Rozvoj a rozšírenie výskumných a inovačných kapacít a využívanie pokročilých technológií|Implementácia registra biologických a genomických údajov

184

185

//Tabuľka 3 Ciele projektu//

186

187

188

== 3.5 Merateľné ukazovatele (KPI) ==

189

190

|**ID**|**ID/Názov cieľa**|**Názov

191

ukazovateľa **(KPI)|**Popis

192

ukazovateľa**|**Merná jednotka**

|**AS IS

merateľné hodnoty**

(aktuálne)|**TO BE

Merateľné hodnoty**

(cieľové hodnoty)|(((

198

**Spôsob ich merania a Pozn.**

)))

|ID02|Genomické súbory slovenskej populácie|Počet spracovaných a sprístupnených genomických súborov slovenskej populácie|Ukazovateľ vyjadruje počet genomických súborov slovenskej populácie, ktoré sú výsledkom projektu|Počet|0|2000|

204

205

//Tabuľka 4 Merateľné ukazovatele (KPI)//

206

207

208

== 3.6 Špecifikácia potrieb koncového používateľa ==

209

210

Požiadavky na informačný systém pre spracovanie genomických dát boli získané predovšetkým prostredníctvom série riadených rozhovorov s kľúčovými vedeckými pracovníkmi CVTI SR a UK. Tento prístup nám umožnil zmapovať pracovné postupy, identifikovať ich hlavné výzvy a pochopiť špecifické potreby, ktoré často nie sú zrejmé z teoretických popisov. Rozhovory boli štruktúrované tak, aby pokryli celý životný cyklus genomických dát – od počiatočného príjmu vzoriek, cez fázy sekvenovania a prvotného spracovania, až po pokročilé analýzy a interpretáciu výsledkov. Kladením cielených otázok o ich súčasných pracovných posutpoch, používaných nástrojoch, nedostatkoch súčasného stavu, ako aj o ich víziách ideálneho systému, sme zhromaždili komplexný súbor požiadaviek, ktoré boli premietnuté do katalógu požiadaviek, ako aj principiálneho nastavenia projektu. Zároveň sme sa zamerali na pochopenie očakávaní v oblasti spolupráce, bezpečnosti a škálovateľnosti, čo je pre prácu s citlivými a rozsiahlymi genomickými dátami absolútne kľúčové.

211

212

213

**Skupiny používateľov:**

214

215

**Vedeckí pracovníci – používatelia**

216

217

Vedeckí pracovníci, ako primárni používatelia informačného systému pre spracovanie genomických údajov, majú špecifické a komplexné požiadavky a očakávania, ktoré presahujú bežné IT systémy. Ich potreby sa sústredia na tri kľúčové piliere: správu masívnych dát, pokročilé analytické možnosti a efektívnu spoluprácu, všetko s dôrazom na spoľahlivosť a bezpečnosť.

218

219

Vedeckí pracovníci očakávajú, že systém bude schopný ľahko prijať a spravovať obrovské objemy dát z rôznych sekvenovacích platforiem. To zahŕňa podporu pre rozmanité formáty súborov (FASTQ, BAM, VCF atď.) a inteligentné indexovanie a organizáciu dát do logických štruktúr (projekty, vzorky) s bohatými metadátami. Systém by mal zabezpečiť spoľahlivé úložisko s možnosťou škálovania a plnohodnotným zálohovaním, aby sa predišlo strate cenných experimentálnych dát.

220

221

Systém musí podporovať tímovú prácu prostredníctvom riadeného zdieľania dát a výsledkov s rôznymi úrovňami prístupu. Očakáva sa možnosť pridávať komentáre a anotácie k dátam a analýzam, čo uľahčuje komunikáciu a sledovanie postupu výskumu. Robustná správa používateľov a ich rolí je nevyhnutná.

222

223

Napriek komplexnosti podkladových dát a analýz, vedeckí pracovníci očakávajú intuitívne a užívateľsky prívetivé webové rozhranie. Systém by mal byť rýchly a responzívny, s nízkou latenciou aj pri práci s veľkými datasetmi. Prehľadné dashboardy a notifikácie o priebehu analýz sú tiež dôležité pre efektívne riadenie práce.

224

225

Vzhľadom na citlivosť genomických dát je najvyššia úroveň bezpečnosti kritická. Požiadavky zahŕňajú robustnú autentifikáciu (ideálne s dvojfaktorovou autentifikáciou), šifrovanie dát a detailný audit trail všetkých aktivít.

**Administrátori**

Technickí pracovníci zodpovední za správu, podporu prevádzky a údržbu centrálneho knižničného informačného systému.

231

232

233

Vyžadujú sadu nástrojov na konfiguráciu systému, monitorovanie výkonu a stability systému, zálohovanie, obnovu a údržba databázy, prepojenie s externými databázami, autentifikačnými systémami a inými službami.

234

235

Nezanedbateľnou súčasťou je úroveň zabezpečenia, implementácia bezpečnostných opatrení na ochranu dát a prevenciu neoprávneného prístupu.

236

237

238

== 3.7 Detailný opis obmedzení a predpokladov ==

239

240

Pre projekt nie je známe obmedzenie v zmysle závislosti od iných projektov rozvoja IT alebo plánu rozvoja externých ISVS. Obmedzenia preto vyplývajú z identifikovaných rizík a ich mitigácie uvedenej v nasledujúcej kapitole.

241

242

243

== 3.8 Vyhodnotenie rizík a závislostí ==

244

245

|**ID**|**NÁZOV RIZIKA / ZÁVISLOSTI**|**Kategória rizika**|(((

246

**Potenciálny dopad**

247

248

249

)))|**Opatrenia na zmiernenie rizika (mitigácia)**

250

|ID1|Nebude možné naplniť všetky kvalitatívne požiadavky projektu|B2|Nebudú plne dosiahnuté očakávané benefity projektu.|Zorganizovať viacero kôl iniciačných stretnutí k zadefinovaniu požiadaviek z katalógu požiadaviek s dodávateľom.

251

|ID2|Jednotlivé komponenty projektu nebudú vykazovať známky 100% kompatibility.|B2|Vzhľadom na vytvorenie ekosystému je dôležité, aby jednotlivé prvky boli schopné komunikovať vzájomne a mali rovnaké východiskové požiadavky na obojsmernú programovú komunikáciu.|Dôkladná kontrola plnenia požiadaviek pri dodávaní produktov vo fáze Analýza a dizajn.

252

|ID3|Nedostupnosť komponentov novej infraštruktúry|C2|Nedostupnosť komponentov novej infraštruktúry, prípadne ich veľmi dlhé dodacie lehoty môžu mať negatívny vplyv na termín ukončenia projektu.|Zistiť a aktualizovať dostupnosť komponentov a dobu dodania.

253

|ID4|Projekt nebude realizovaný a nasadený podľa časového plánu.|C1|V prípade omeškania dodávok projektu resp. v prípade omeškania nasadenia výstupov projektu, nebude možné efektívne dodržať rozpočet projektu a alokáciu projektového tímu.|Čo najskoršia realizácia implementácie. Dodržiavanie jednotlivých fáz projektu, priebežná a proaktívna kontrola úloh, hlavne plánu nasadenia.

254

|ID5|Komplikácie s nastavením a priebehom verejného obstarávania|B2|V prípade neskorého vypísania VO, prípadne komplikácií v procese VO by bol ohrozený začiatok implementačnej fázy.|Počas iniciačnej fázy, zapojiť do projektu oddelenie, ktorého zodpovednosťou je proces VO, do tvorby dokumentu "Prístup k projektu". Cieľom je informovať príslušných pracovníkov s predstihom o predmete obstarania. Pozitívne sa to odrazí na príprave podkladov VO, z ktorých časť môžu zodpovedné osoby pripravovať paralelne a nemusia sa zoznamovať s obsahom projektu až po oficiálnom ukončení iniciačnej fázy

255

|ID6|Neúplné alebo nedostatočne definované požiadavky|B2|Neúplné požiadavky môžu spôsobiť predĺženie trvania projektu, navýšenie nákladov, z dôvodu potreby dodatočného obstarávania komponentov.|Zabezpečiť kvalitné podklady v procese obstarania a tvorbe manažérskych produktov. Dodať čo najpodrobnejší popis zákazky.

256

|ID7|Vysoké náklady na prevádzku|C3|Náklady na prevádzku budú vyššie ako plánované. Prekročenie plánovaných nákladov na prevádzku. Potreba dodatočných finančných zdrojov.|Priebežne kontrolovať rozpočet pre jednotlivé fázy a venovať zvýšenú pozornosť dodávateľským zmluvám.

257

|ID8|Ohrozenie prevádzky a dostupnosti systému|C2|Ohrozenie prevádzky a dostupnosti systému z dôvodu možných kybernetických útokov.|Venovať vysokú pozornosť testovaniu. Pri implementácii aktualizovať firmware a bezpečnostné patche.

258

259

260

|ID11|Nedostatok ľudských zdrojov|B2|Predĺženie doby realizácie projektu. Výstupy projektu budú dodané v nedostatočnej kvalite.|Zabezpečenie atraktívnych pracovných podmienok a proaktívnej zamestnaneckej politiky.

261

|ID12|Dátová kompatibilita|B2|Importované dáta nebudú správne uložené v databáze, špecifické formáty budú vykazovať nízku interoperabilitu.|Riadne mapovanie dátových zdrojov a overovanie konzistencie dátových balíkov.

262

|ID13|Odmietnutie používateľmi|B2|Používatelia môžu byť zvyknutí na starý systém a môžu mať odpor k zmene.|Realizácia komunikačnej kampane, školení a onboarding procesu akcentujúca kontinuitu a výhody nového riešenia.

263

264

//Tabuľka 5 Prehľad najzávažnejších rizík a závislostí//

265

266

== //3.9 Detailný opis rozpočtu projektu a jeho prínosov// ==

267

268

1. (((

269

=== 3.9.1 Sumarizácia nákladov a prínosov ===

)))

**NÁKLADY**

Sumarizácia nákladov:

275

276

277

[[image:1757282221373-512.png]]

278

279

280

Sumarizácia nákladov a prínosov riešenia za obdobie 10 rokov:

281

282

283

[[image:1757282221376-938.png]]

Interpretácia výsledkov:

288

289

Ekonomická a finančná efektívnosť projektu je v analýze prínosov a nákladov hodnotená kvantitatívne pomocou nasledujúcich ukazovateľov:

290

291

* Pomer prínosov a nákladov (BCR): 0,28

292

293

**Rozpočet projektu**: **998 418,03 EUR**

294

295

Celkové náklady na zabezpečenie riešenia boli vypočítané prostredníctvom PHZ, oslovením dodávateľov. Vypočítané náklady projektu a výšku rozpočtu môžeme rozdeliť nasledovne:

**Hlavné aktivity**

Externé služby / Vývoj diela: 379 088,46 EUR s DPH

301

302

Softvér: 554 012,50 EUR

303

304

305

**Podporné aktivity**

306

307

907 - Paušálna sadzba na nepriame výdavky podľa článku 54 písm. a) NSU: 65 317,07 EUR

308

309

310

**KANTITATÍVNE PRÍNOSY**

311

312

Zavedením centrálneho informačného systému VABIS a integráciou nástrojov na spracovanie biologických a genomických údajov dôjde k významnej automatizácii opakujúcich sa a technicky náročných činností v oblasti bioinformatiky. Mnohé fázy analytického reťazca – od importu surových sekvenačných dát, cez ich validáciu, konverziu a zarovnanie, až po volanie variantov, anotáciu a agregáciu výstupov – budú realizované prostredníctvom vopred definovaných pracovných postupov. Tieto postupy budú sprístupnené používateľom formou užívateľsky jednoduchého rozhrania s minimálnou potrebou manuálnych zásahov alebo programovania. Tento prístup výrazne skracuje časovú náročnosť analýz, znižuje riziko ľudskej chyby a zároveň znižuje potrebu angažovania špecializovaného IT personálu pri každom spracovaní dátovej sady. V porovnaní so súčasným stavom, kde je spracovanie každého datasetu podmienené individuálnou konfiguráciou nástrojov, manuálnym dohľadom a interpretáciou výstupov, nový systém umožní zabezpečiť rutinné operácie menej kvalifikovaným personálom alebo samotnými výskumníkmi. Výsledkom tejto automatizácie je kvantifikovateľná úspora mzdových nákladov odborných pracovných miest (FTE).

313

314

315

**KVALITATÍVNE PRÍNOSY**

316

317

**Odborný a technologický rozvoj bioinformatiky na národnej úrovni**

318

319

Projekt VABIS významne prispeje k odbornému a technologickému rozvoju oblasti bioinformatiky na Slovensku. Zavedením centrálneho registra biologických a genomických údajov dôjde k vytvoreniu platformy, ktorá umožní systematické, bezpečné a štandardizované spracovanie rozsiahlych dát pochádzajúcich zo sekvenačných technológií novej generácie. Tento systém posilní pozíciu slovenského výskumu v oblastiach genetiky, molekulárnej biológie a biomedicíny a umožní domácim výskumným inštitúciám držať krok s európskymi trendmi. Prístup k spoľahlivým nástrojom a metodická jednotnosť prispejú k vyššej kvalite výstupov a medzinárodnej dôveryhodnosti vedeckej práce.

320

321

322

**Zlepšenie dostupnosti a kvality analytických nástrojov**

323

324

Zavedením špecializovaných softvérových riešení projekt zabezpečí dostupnosť moderných analytických nástrojov aj pre výskumníkov bez špecializovaných IT znalostí. Systém bude podporovať široké spektrum dátových formátov, automatizované spracovanie a validáciu údajov a zároveň poskytne interaktívne nástroje na vizualizáciu, anotáciu a analýzu genetických variantov. Výrazne sa tak zníži čas potrebný na interpretáciu dát a zvýši sa produktivita výskumných tímov.

325

326

327

**Podpora otvorenej vedy a medzinárodnej spolupráce**

328

329

Projekt napomôže širšiemu uplatneniu princípov otvorenej vedy v slovenskom výskumnom priestore. Implementáciou riešenia v súlade s FAIR princípmi sa zabezpečí možnosť zdieľania dát v medzinárodných výskumných infraštruktúrach ako ELIXIR, EOSC, FEGA či 1+MG. Slovenskí výskumníci sa týmto spôsobom efektívnejšie zapoja do medzinárodných výskumných konzorcií, čím sa posilní ich vedecká spolupráca a viditeľnosť v rámci EÚ.

330

331

332

**Zvýšenie bezpečnosti a dôveryhodnosti spracovania údajov**

333

334

Projekt vytvára robustný rámec pre ochranu citlivých biologických údajov. Systém bude podporovať pseudonymizáciu, anonymizáciu a granulárne riadenie prístupu na úrovni dátových prvkov. Všetky operácie v systéme budú auditované, čím sa zabezpečí úplná transparentnosť a sledovateľnosť. Tieto mechanizmy posilnia dôveru používateľov, ako aj verejnosti v prácu s genetickými informáciami.

335

336

337

**Rozvoj odborných kapacít a samostatnosti výskumných tímov**

338

339

Projekt posilní odbornú spôsobilosť výskumníkov prostredníctvom školení, workshopov a praktických kurzov zameraných na spracovanie genomických dát. Vytvorením používateľsky prívetivého rozhrania a zjednodušením analytických operácií sa umožní výskumníkom realizovať úlohy samostatne, bez potreby zapojenia IT špecialistov. Tým sa výrazne zvyšuje nezávislosť vedeckých tímov a efektivita výskumu.

340

341

342

**Podpora vzdelávania a výskumnej prípravy budúcich odborníkov**

343

344

Softvérové nástroje a infraštruktúra budú sprístupnené aj akademickému sektoru, čím sa podporí moderné vzdelávanie v oblasti bioinformatiky. Ich začlenenie do výučby umožní študentom nadobudnúť praktické zručnosti v práci s reálnymi dátami, čo zlepší ich uplatniteľnosť na trhu práce a podporí vznik novej generácie špecialistov v oblasti dátovej biológie.

345

346

347

**Podpora verejnej politiky a výskumu v oblasti zdravia**

348

349

Vytvorením slovenského referenčného genómu a sprístupnením analytickej infraštruktúry pre populáciu sa otvárajú nové možnosti pre vývoj personalizovaných zdravotných prístupov, genetických skríningov a populačných štúdií. Takéto dáta môžu byť využité v strategickom plánovaní verejného zdravia a zdravotných intervencií, čo predstavuje významný prínos nielen pre vedu, ale aj pre spoločnosť ako celok.

350

351

352

=== 3.9.2 Zdroj financovania ===

353

354

Plánovaným zdrojom financovanie je Program Slovensko ako hlavný operačný program pre čerpanie finančných prostriedkov z Európskych štrukturálnych a investičných fondov (EŠIF) na Slovensku v programovom období 2021-2027.

355

356

357

== 3.10 Harmonogram projektu ==

358

359

|**ID**|**FÁZA/AKTIVITA**|(((

**ZAČIATOK**

(odhad termínu)

)))|(((

**KONIEC**

(odhad termínu)

)))|**POZNÁMKA**

|1.|Prípravná fáza a Iniciačná fáza|01/2025|08/2025|

369

|2.|Realizačná fáza|09/2025|09/2029|

370

|2a|Analýza a Dizajn|09/2025|09/2026|

371

|2b|Nákup infraštruktúrnych služieb, programových a technických prostriedkov|04/2026|10/2026|Je potrebné obstarať dodávateľa IS riešenia/ licencie[[(% class="wikiinternallink wikiinternallink" %)^^~[1~]^^>>path:#_ftn1]](%%)^^/^^ konzultačné služby

372

|2c|Implementácia a testovanie|10/2026|06/2029|

373

|2d|Nasadenie a PIP|10/2026|08/2029|

374

|3.|Dokončovacia fáza|09/2029|09/2029|

375

|4.|Podpora prevádzky (SLA)|10/2029|10/2031|Je potrebné obstarať SLA zmluvu (Zmluvu o podpore prevádzky IS)

376

377

//Tabuľka 7 Harmonogram projektu//

378

379

Trvanie hlavných aktivít realizačnej a dokončovacej fázy je 48 mesiacov. Harmonogram bude upravený v rámci analýzy a dizajn.

380

381

382

Projekt bude realizovaný metódou Waterfall - vodopádový prístup počíta s detailným naplánovaním jednotlivých krokov a následnom dodržiavaní postupu pri vývoji alebo realizácii projektu. Projektovému tímu bude daný minimálny priestor na zmeny v priebehu realizácie. Vodopádový prístup považujeme za vhodný, nakoľko je jasný cieľ a jasne definovateľný postup a rozdelenie prác.

383

384

[[image:1757282221377-608.png]]

385

386

//Obrázok 2 Ilustrácia rozdelenia realizácie projektu metódou Waterfall//

387

388

389

== 3.11 Návrh organizačného zabezpečenia projektu (projektový tím) ==

390

391

Riadiaci výbor projektu tvorí predseda riadiaceho výboru projektu a vlastníci procesov alebo nimi poverení zástupcovia.

392

393

Riadiaci výbor sa riadi Štatútom, ktorý je popísaný v samostatnom dokumente Štatút Riadiaceho výboru projektu ako najvyšší riadiaci orgán na účely realizácie projektu na základe schválenej projektovej dokumentácie.

394

395

Štatút Riadiaceho výboru upravuje najmä jeho pôsobnosť, úlohy, zloženie, zasadnutie a hlasovanie. Členom Riadiaceho výboru projektu môže byť aj zástupca dodávateľa. Väčšina členov Riadiaceho výboru projektu s hlasovacím právom sú osoby navrhnuté objednávateľom a zastupujú záujmy objednávateľa. Riadiaci výbor projektu dozerá na hospodárnosť, efektívnosť a účelové využívanie finančných prostriedkov a môže prispôsobiť štandardy projektového riadenia na realizovaný projekt.

396

397

Riadiaci výbor má minimálne 5 členov, vrátane predsedu Riadiaceho výboru (ďalej len „predseda“):

398

399

400

Riadiaci výbor projektu tvoria:

401

402

1.

403

11. **predseda** Riadiaceho výboru projektu,

404

11. **podpredseda **Riadiaceho výboru projektu,

405

11. **vlastník alebo vlastníci procesov CVTI **(biznis vlastník infraštruktúra) alebo nimi poverený zástupca alebo zástupcovia,

406

11. **zástupcu kľúčových používateľov **(end user),

407

11. zástupca za Dodávateľa v zmysle Zmluvy o Dielo s Dodávateľom,

408

11. projektový manažér prijímateľa PPM.

409

410

[[image:1757282221379-307.png]]

411

412

[[image:1757282221380-220.png]]

413

414

Riadiaci výbor je riadený predsedom, ktorým je zástupca Objednávateľa. V prípade neprítomnosti predsedu na zasadnutí Riadiaceho výboru, predseda musí na toto konkrétne zasadnutie písomne delegovať svoju funkciu v rozsahu svojich práv a povinností formou splnomocnenia na zástupcu, ktorým môže byť aj iný člen Riadiaceho výboru s hlasovacím právom. Na rokovanie Riadiaceho výboru môžu byť v prípade potreby prizvaní aj iní účastníci, tak zo strany Objednávateľa, alebo za stranu Dodávateľa.

415

416

417

Riadiaci výbor zasadá pravidelne, spravidla raz za mesiac avšak najmenej jedenkrát za tri (3) po sebe nasledujúce kalendárne mesiace. Zasadnutie Riadiaceho výboru zvoláva predseda prostredníctvom Tajomníka Riadiaceho výboru. Závery zo zasadnutia Riadiaceho výboru a jednotlivé body zo zasadnutia Riadiaceho výboru sa prijímajú súhlasným hlasovaním nadpolovičnej väčšiny prítomných členov Riadiaceho výboru s hlasovacím právom. Hlas predsedu má v prípade rovnosti hlasov hodnotu dvoch hlasov.

418

419

420

Hlavné dokumenty spojené s činnosťou Riadiaceho výboru sú program zasadnutia, pracovný materiál a záznam zo zasadnutia Riadiaceho výboru, ktorého prílohou musí byť aj prezenčná listina, prípadne aj písomné splnomocnenia členov Riadiaceho výboru.

421

422

423

Program zasadnutia a pracovné materiály Riadiaceho výboru distribuuje Tajomník Riadiaceho výboru na základe podkladov a inštrukcií predsedu alebo toho člena Riadiaceho výboru, ktorý požiadal o zasadnutie Riadiaceho výboru.

424

425

Tajomník Riadiaceho výboru zabezpečí ich distribúciu členom Riadiaceho výboru najneskôr 3 pracovné dni pred zasadnutím Riadiaceho výboru. Za vecnú správnosť distribuovaného materiálu zodpovedá člen Riadiaceho výboru, ktorý ho predkladá.

426

427

428

Riadiaci výbor zaniká ukončením plnohodnotnej implementácie projektu a jeho uvedením do produktívnej prevádzky. Zoznam členov Riadiaceho výboru je súčasťou dokumentu Komunikačná matica uloženom na zdieľanom projektovom úložisku.

|1.|TBD|TBD|TBD|Predseda RV

433

|2.|TBD|TBD|TBD|Biznis vlastník

434

|3.|TBD|TBD|TBD|Zástupca prevádzky

435

|4.|TBD|TBD|TBD|Zástupca dodávateľa

436

437

//Tabuľka 8 Riadiaci výbor//

438

439

440

Riadenie projektu zo strany Objednávateľa bude zabezpečené prostredníctvom Projektového manažéra a Finančného manažéra a bude trvať počas celej doby realizácie projektu. Bude pokrývať oblasť projektového riadenia (projektový manažment, celková koordinácia projektu, celkový dohľad nad vývojom dodávaného Diela, vrátane kvality), finančného riadenia a monitorovania realizácie projektu v zmysle riadenia podľa vyhlášky MIRRI č. 401/2023 Z. z. v platnom znení.

441

442

443

Pre potreby doručenia výstupov projektu sa zriaďuje projektový tím projektu v zložení:

444

445

* Projektový manažér (PM)

446

* Kľúčový používateľ (KP)

* Analytik IT,

* Architekt IT,

* IT tester,

* Dátový kurátor,

* Databázový špecialista,

452

* Manažér kybernetickej a informačnej bezpečnosti (MKIB).

453

454

455

|1.|Projektový manažér (PM)|TBD|TBD|TBD

456

|2.|Kľúčový používateľ (KP)|TBD|TBD|TBD

457

|3.|Analytik IT|TBD|TBD|TBD

458

|4.|Architekt IT|TBD|TBD|TBD

459

|5.|IT tester|TBD|TBD|TBD

460

|6.|Dátový kurátor|TBD|TBD|TBD

461

|7.|Databázový špecialista|TBD|TBD|TBD

462

|8.|Manažér kybernetickej a informačnej bezpečnosti|TBD|TBD|TBD

463

464

//Tabuľka 9 Projektový tím//

= 4. LEGISLATÍVA =

Pre naplnenie cieľov a merateľných ukazovateľov projektu nie je známa potreba legislatívnych zmien.

469

470

Základný legislatívny rámec, legislatívne, právne, štatutárne, regulačné a zmluvné požiadavky vzťahujúce sa na implementáciu projektu sú predmetom kapitoly 5.7.3.

471

472

473

= 5. ARCHITEKTÚRA RIEŠENIA PROJEKTU =

474

475

476

== 5.1 Stanovenie alternatív architektúry riešenia ==

477

478

V rámci biznisovej a aplikačnej vrstvy architektúry sme porovnávali 3 variantné alternatívy budúceho riešenia súčasného stavu. Stanovené alternatívy nadväzujú na ciele a hnacie prvky zachytené v motivačnej vrstve architektúry pričom sú podrobené multikriteriálnej analýze požiadaviek priradených definovaným aktérom/stakeholderom.

479

480

481

=== 5.1.1 Stanovenie alternatív v biznisovej vrstve architektúry ===

482

483

[[image:1757282221381-780.png]]

484

485

//Obrázok 5 Znázornenie alternatív riešenia v biznis vrstve architektúry//

486

487

Multikriteriálna analýza obsahuje požiadavky všetkých identifikovaných stakeholderov, pričom neboli stanovené kritériá pre výber alternatívy unikátne pre úzky okruh stakeholderov. Bolo definovaných celkom 6 kritérií, ktoré predstavujú validné kritériá na výber optimálneho riešenia pre dosiahnutie cieľov definovaných v motivačnej vrstve architektúry ako aj merateľných ukazovateľov projektu.

488

489

Na biznisovej vrstve definovaná alternatíva B0 predstavuje zachovanie súčasného stavu bez dedikovaného informačného systému pre špecializovaný výskum genomických údajov. V rámci súčasnej nedostatočnej podpory oblasti biomedicíny táto alternatíva nespĺňa žiadne z kritérií stakeholderov.

490

491

Nadstavbová alternatíva B1 predstavuje minimálny rozsah riešenia obsahujúceho základné analytické nástroje pre analýzu genomických údajov. Tento minimalistický variant však nespĺňa polovicu kritérií stakeholderov, a to predovšetkým požiadavku na komplexné spektrum analytických, vizualizačných a integračných funkcií.__ __Vzhľadom na tento limit nespĺňa tiež požiadavky na integráciu systému na zahraničné databázy pre zvýšenie možností komparácie dát a posilnenie vedeckého výskumu. V nadväznosti na to táto alternatíva nezahŕňa požadovaný rozsah dátových formátov na spracovanie údajov.

492

493

Víťazná alternatíva na biznis vrstve B2 predstavuje variant spĺňajúci všetky požiadavky stakeholderov.__ __Rozšírené možnosti špecifických nástrojov pre spracovanie genomických údajov priamo súvisia so splnením kritérií na rozsah podporovaných formátov dát a integráciu na zahraničné databázy. Spolu s tým samozrejme zahŕňa aj nástroje na anonymizáciu údajov, vysokú kompatibilitu výstupných formátov, modulárnu architektúru systému a pokročilé možnosti práce s údajmi.

494

495

496

| |**KRITÉRIUM**|**ZDÔVODNENIE KRITÉRIA**|(((

**STAKEHOLDER**

**MŠVVaM SR**

)))|(((

**STAKEHOLDER**

**MIRRI SR**

)))|(((

**STAKEHOLDER**

**CVTI SR**

)))|(((

**STAKEHOLDER**

**UK**

)))|(((

**STAKEHOLDER**

**Vedeckí pracovníci**

516

)))

517

|(% rowspan="6" %)(((

BIZNIS VRSTVA

)))|(((

Kritérium A (KO)

SW na procesovanie NGS dát

525

)))|Široké spektrum analytických, vizualizačných a integračných funkcií využiteľných v rámci výskumu a vývoja. Riešenie musí umožňovať spracovanie údajov získaných rôznymi sekvenačnými technológiami, podporovať typické bioinformatické dátové formáty a ponúkať interaktívne nástroje na vizualizáciu, anotáciu a interpretáciu sekvenčných dát. Dôležitou súčasťou riešenia je aj schopnosť integrácie s verejnými databázami.|X|X|X|X|X

|(((

Kritérium B (KO)

Medzinárodná integrácia

530

)))|Výstupy pripravené na integráciu do medzinárodných infraštruktúr ako ELIXIR, EOSC, FEGA či Genome of Europe|X|X|X|X|X

|(((

Kritérium C (KO)

FAIR kompatibilita

)))|Výstupy odovzdané vo formátoch kompatibilných s FAIR princípmi (napr. BAM, VCF, GVCF, JSON/YAML pre metadáta)| | |X|X|X

|(((

Kritérium D (KO)

Anonymizácia a pseudoanonymizácia

540

)))|Implementácia nástrojov na pseudonymizáciu a anonymizáciu genomických údajov podľa štandardov GDPR| | |X|X|X

|(((

Kritérium E

(KO)

Modulárna architektúra

547

)))|(((

548

Pripravenosť systému na rozšírenie o nové typy dát (napr. metagenomika) a analytické moduly.

)))|X|X|X|X|X

|(((

Kritérium F

Fulltextové vyhľadávanie

556

)))|(((

557

Fulltextové vyhľadávanie s podporou indexovania podľa zvolených metaúdajových polí.

)))| | |X|X|X

//Tabuľka 10 Príklad šablóny pre spracovanie MCA//

563

564

565

|**Zoznam kritérií**|(((

**Alternatíva**

**1**

)))|(((

**Spôsob**

**dosiahnutia**

)))|**Alternatíva 2**|(((

**Spôsob**

**dosiahnutia**

)))|**Alternatíva 3**|(((

**Spôsob**

**dosiahnutia**

)))

|Kritérium A|nie|Súčasný stav neadresuje žiadnu z požiadaviek stakeholderov.|nie|Alternatíva B1 obsahuje limitovaný okruh analytických nástrojov.|áno|Alternatíva B2 zahŕňa komplexnú sadu analytických nástrojov.

583

|Kritérium B|nie|Súčasný stav neadresuje žiadnu z požiadaviek stakeholderov.|nie|Vzhľadom na limitovaný rozsah analytiky nie je dostatočná výpovedná hodnota pre zdieľanie výsledkov výskumu.|áno|Súčasťou alternatívy je integrácia na medzinárodné databázy s cieľom zdieľať výsledky výskumu.

584

|Kritérium C|nie|Súčasný stav neadresuje žiadnu z požiadaviek stakeholderov.|nie|Vzhľadom na obmedzený rozsah analytiky alternatíva neobsahuje plnú požadovanú množinu podporovaných formátov.|áno|Alternatíva zahŕňa požadovaný rozsah podporobvaných formátov súborov.

585

|Kritérium D|nie|Súčasný stav neadresuje žiadnu z požiadaviek stakeholderov.|áno|Alternatíva obsahuje procesy a politiky pre anonymizáciu dát.|áno|Alternatíva obsahuje procesy a politiky pre anonymizáciu dát.

586

|Kritérium E|nie|Súčasný stav neadresuje žiadnu z požiadaviek stakeholderov.|áno|Systém v predmetnej alternatíve predstavuje otvorený ekosystém.|áno|Systém v predmetnej alternatíve predstavuje otvorený ekosystém.

587

|Kritérium F|nie|Súčasný stav neadresuje žiadnu z požiadaviek stakeholderov.|áno|Systém podporuje fulltextové vyhľadávanie pre zjednodušenie procesov.|áno|Systém podporuje fulltextové vyhľadávanie pre zjednodušenie procesov.

588

589

//Tabuľka 11 Príklad šablóny pre vyhodnotenie MCA//

590

591

592

=== 5.1.2 Stanovenie alternatív v aplikačnej vrstve architektúry ===

593

594

Alternatívy na úrovni aplikačnej architektúry reflektujú alternatívy vypracované na základe „nadradenej“ architektonickej biznis vrstvy. Aplikačná vrstva architektúry bola posudzovaná nadstavbovým procesom, kde nultý variant predstavuje zachovanie súčasného stavu.

595

596

Aplikačná alternatíva A1 predstavuje základný rozsah registra biologických a genomických údajov, umožňujúci základnú kontrolu na prácou v systéme formou manažmentu oprávnení používateľov, základného spracovania údajov nástrojmi pre anonymizáciu a pseudoanonymizáciu a vecné spracovanie nástrojmi genotypizácie a sekvenovania.__ __Uvedená alternatíva však nedostatočne využíva možnosti zdieľania a spracovania dát v rámci dostupných medzinárodných databáz, inkorporovaných vizualizačných-- --nástrojov pre interpretáciu a prezentáciu výsledkov výskumu, čo na druhej strane aplikačná alternatíva A2 spĺňa.

597

598

V rámci aplikačných alternatív bolo zvažované a vo výsledku formulovaná požiadavka, že systém nesmie byť viazaný na proprietárne technológie s uzamknutým vendor lock-in. Preferovaná je open-source licencia alebo publikovanie dokumentácie a API pre budúci rozvoj.

599

600

601

[[image:1757282221383-420.png]]

602

603

//Obrázok 6 Znázornenie alternatív riešenia v aplikačnej vrstve//

604

605

=== 5.1.3 Stanovenie alternatív v technologickej vrstve architektúry ===

606

607

Alternatívy na úrovni technologickej architektúry reflektujú alternatívy vypracované na základe „nadradenej“ architektonickej aplikačnej vrstvy. Na základe MCA na technologickej vrstve vzhľadom na dostatočné prevádzkové kapacity žiadateľa na vlastnej infraštruktúre-- bude--__,__ ako aj v záujme minimalizácie nákladov pre optimalizáciu interných integrácií__,__ bude riešenie prevádzkované na existujúcej infraštruktúre CVTI SR.

608

609

610

|**ISVS/Modul**|**Ux**|**Cx**|**Ix**|**Ax**|**Pozn**

611

|VABIS| |0|2|2|

612

613

//Tabuľka 12 Klasifikácia budovaných informačných systémov//

614

615

616

== 5.2 Náhľad architektúry a popis budúceho cieľového produktu ==

617

618

Vzhľadom na v predchádzajúcich kapitolách dokumentácie spomenutú absenciu komplexného nástroja alebo sady nástrojov pre genomický výskum alebo analýzu biologický a genomických dát sa popis architektúry riešenia sústreďuje na popis víťaznej alternatívy z multi kriteriálnej analýzy.

619

620

621

Slovenskí výskumníci a výskumné inštitúcie dlhodobo čelia zásadnému nedostatku softvérového vybavenia a kvalifikovaných bioinformatikov, čo im bráni v tom, aby držali krok s európskym štandardom pri spracovaní moderných biologických dát. V dôsledku toho slovenské prírodné vedy – najmä v oblastiach genetiky, molekulárnej biológie a digitálnej medicíny – zaostávajú v schopnosti efektívne analyzovať vysokopriepustné dáta, ktoré sú dnes základom pokročilého výskumu aj klinických aplikácií.

622

623

624

Aktivita 3 Národného projektu predstavuje jeho IT časť – Vybudovanie národnej bioinformatickej platformy. Predmetom aktivity je dodanie, inštalácia, konfigurácia a uvedenie do prevádzky centralizovaného softvérového riešenia pre správu, spracovanie a analýzu biologických a genomických údajov a súbor špecializovaných softvérových nástrojov určených na:

625

626

* uchovávanie a kategorizáciu NGS (Next-Generation Sequencing) dát,

627

* genotypizáciu a fragmentovú analýzu DNA,

628

* komplexnú bioinformatickú analýzu (vrátane detekcie variantov, anotácií, klonovania, metylácie),

629

* vizualizáciu a manipuláciu s DNA sekvenciami,

630

* integráciu s európskymi infraštruktúrami ako ELIXIR, EOSC.

631

632

== 5.3 Biznis vrstva ==

633

634

VABIS bude slúžiť ako vstupný bod pre odborných používateľov (výskumníkov, analytikov, bioinformatikov), ktorí budú nahrávať, katalogizovať a spravovať biologické a genomické dáta. Systém musí zabezpečiť bezpečný, štandardizovaný a flexibilný spôsob evidencie výskumných dátových sád.

635

636

Parciálne ciele, ktoré ma implementácia systému VABIS adresovať:

637

638

* Zabezpečiť dostupnosť pokročilých bioinformatických nástrojov pre slovenských výskumníkov

639

* Nasadenie analytických a vizualizačných softvérov, ktoré umožnia spracovanie biologických dát aj odborným pracovníkov bez hlbších IT znalostí.

640

* Zvýšiť kompetencie slovenských odborníkov v oblasti digitálnej biológie

641

* Organizácia školení, workshopov a praktických kurzov zameraných na prácu s poskytovanými IT softvérmi, analýzu NGS dát a interpretáciu výsledkov.

642

* Zabezpečiť podporu pre používateľov prostredníctvom odborného poradenstva

643

* Zriadenie linky prvého kontaktu, ktorá slúži na zber požiadaviek, ich štruktúrovanie a presmerovanie k špecialistom NCBio.

644

* Podporiť výskum a výučbu v oblasti bioinformatiky na národnej úrovni

645

* Integrácia softvérov do výučbových programov a zabezpečenie prístupu k softvéru a výpočtovým zdrojom pre študentov a pedagógov.

646

* Znížiť závislosť výskumných tímov od externých IT špecialistov

647

* Vytvorenie prostredia, kde bežný výskumník dokáže samostatne vykonať štandardné analytické úlohy v rámci svojho biologického výskumu.

648

649

**Agregované funkcionality systému**

650

651

**Registrácia súborov s definovateľnou štruktúrou a metaúdajmi:**

652

653

* Podporované dátové typy: FASTQ, BAM/CRAM, VCF, GFF, CSV/TSV, JSON-LD, HDF5, súbory z nanopórovej a Illumina technológie, transkriptómové dáta, fenotypové záznamy a súvisiace analýzy (napr. anotácie variantov).

654

* Metaúdajový model: Flexibilná štruktúra na základe FAIR princípov (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), postavená na základných štandardoch.

655

* Prvky metaúdajov:

656

** Názov datasetu, popis, formát súboru, jazyk, dátum nahrania

657

** Typ dát (genóm, transkriptóm, epigenóm atď.)

658

** Organizmus, pôvod vzorky, spôsob spracovania, platforma sekvenovania

659

** Prístupové podmienky (verejné, registrované, obmedzené)

660

* Používateľské rozhranie:

661

** Webové formuláre s kontrolou správnosti vstupu

662

** Možnosť hromadného importu metaúdajov cez JSON/CSV alebo API

663

664

**Automatická validácia dát**

665

666

* Kontrola formátov:

667

** Automatizovaná validácia štruktúry podľa typových špecifikácií: napr. kontrola hlavičky a integrita BAM súborov, validácia VCF podľa VCFv4.x, validácia FASTQ pomocou štruktúry záznamov a integrita gzip.

668

* Kontrola metaúdajov:

669

** Povinné polia (napr. názov, typ dát, pôvod, dátum) musia byť vyplnené

670

** Validácia typov vstupov (napr. dátum, číselné hodnoty, ID podľa štandardu)

671

672

**Kategorizácia a klasifikácia dátových súborov**

673

674

* Viacúrovňové triedenie:

675

** Podľa typu údajov: genomické, transkriptomické, epigenetické

676

** Podľa pôvodu: inštitúcia, laboratórium, projekt

677

** Podľa organizmu

678

** Podľa dátumu vytvorenia / nahrania / aktualizácie

679

** Podľa štádia spracovania: vložené, analyzované, interpretované

680

* Taxonomický a tematický systém:

681

** Kategórie môžu byť prepojené s ontológiami (napr. EFOontology)

682

683

**Vyhľadávanie a filtrovanie**

684

685

* Fulltextové vyhľadávanie s podporou indexovania podľa zvolených metaúdajových polí.

686

* Filtrovanie podľa zvolených parametrov: dátový typ, dátum nahrania, projekt, poskytovateľ údajov, stupeň spracovania vzorky.

687

* Podpora logických operátorov, rozsahových dotazov, hierarchických filtrov a prednastavených dotazov.

688

689

**Správa používateľov a prístupových práv**

690

691

* Viacúrovňová správa oprávnení (čítanie, nahrávanie, editácia, anonymizácia).

692

* Integrácia s AAI (napr. EOSC AAI, federované identity).

693

* Možnosť správy rolí: administrátor systému, pracovník, externý výskumník.

694

* Podpora auditovateľného logovania prístupov, zmien, exportov a spracovaní údajov.

695

696

**Anonymizácia a správa citlivých údajov**

697

698

* Implementácia nástrojov na pseudonymizáciu a anonymizáciu genomických údajov podľa štandardov GDPR.

699

* Granulárna kontrola prístupu na úrovni dátových prvkov (napr. chránene varianty).

700

* Generovanie štatistických výstupov z anonymizovaných datasetov bez prístupu k individuálnym dátam.

701

702

**Analytické a vizualizačné nástroje**

703

704

* Zabezpečujú analytickú prácu s biologickými a genomickými dátami, ktoré sú spravované v rámci registra. Modul bude integrovaný do používateľského prostredia IS a umožní kombinovať bioinformatické výpočty, vizualizáciu variantov a generovanie štatistických výstupov.

705

706

=== 5.3.1 Návrh riešenia v biznis vrstve architektúry ===

707

708

[[image:1757282221385-497.png]]

709

710

//Obrázok 7 Náhľad biznis vrstvy architektúry – budúci stav//

711

712

713

=== 5.3.2 Prehľad koncových služieb – budúci stav (TO BE): ===

714

715

Projektom nie sú budované koncové služby.

716

717

718

=== 5.3.3 Organizačné zmeny a Procesy dotknuté navrhovaným riešením ===

719

720

Hlavným procesným krokom navrhovaného riešenia je nahratie, spracovanie, analýza a reporting genomických údajov. Proces začína **nahraním genomických údajov** do systému VABIS. Tieto dáta, často vo forme surových sekvenčných čítaní (napr. FASTQ súbory), sa importujú do centralizovaného úložiska. Následne prebieha ich **katalogizácia**, čo zahŕňa **priradenie metaúdajov**, ako sú identifikátory vzoriek, dátumy odberu, typy experimentov a ďalšie relevantné informácie. Tento krok je kľúčový pre efektívne vyhľadávanie a správu dát v neskorších fázach.

721

722

Po nahraní dát systém vykonáva **automatickú validáciu**. Ide o kontrolu kvality a integrity nahraných súborov, ktorá môže zahŕňať overenie formátu, kontrolu chýbajúcich dát alebo detekciu poškodených súborov. V prípade akýchkoľvek nezrovnalostí systém generuje **reporting**, ktorý upozorňuje na potenciálne problémy a umožňuje ich nápravu. Tento automatizovaný prístup minimalizuje chyby a zaisťuje, že do ďalších analytických krokov sa dostanú len validné dáta.

723

724

Po validácii prebieha séria pokročilých bioinformatických analýz:

725

726

* **Osekávanie sekvenčných čítaní:** Odstránenie nízko kvalitných bazí a adapterových sekvencií z okrajov čítaní, čo zlepšuje presnosť následných analýz.

727

* **Zarovnanie sekvenčných čítaní:** Zarovnanie upravených čítaní k referenčnému genómu s cieľom určiť ich pôvodnú pozíciu a identifikovať rozdiely.

728

* **Volanie** **genetických variantov:** Identifikácia odchýlok od referenčného genómu, ako sú jednonukleotidové polymorfizmy (SNP) a malé inzercie/delécie (InDely).

729

* **HLA typizácia:** Analýza génov hlavného histokompatibilného komplexu (HLA), ktoré sú dôležité pre imunitnú odpoveď a transplantácie.

730

* **Anotácia variantov:** Priradenie funkčných informácií k identifikovaným variantom, ako sú ich vplyvy na proteíny, zapojenie do chorôb a frekvencia v populáciách.

731

* **Analýza štrukturálnych variantov:** Detekcia väčších zmien v genóme, ako sú rozsiahle delécie, duplikácie, inzercie alebo translokácie.

732

733

VABIS tiež podporuje špecializované analýzy pre rôzne typy genomických dát:

734

735

* **Analýza RNA sekvenovania:** Kvantifikácia génovej expresie a identifikácia diferenciaálne exprimovaných génov, fúznych génov a alternatívneho zostrihu.

736

* **Analýza DNA metylácie:** Skúmanie metylačných vzorcov na DNA, ktoré hrajú kľúčovú úlohu v génovej regulácii a vývoji ochorení.

737

* **Genotypizácia:** Stanovenie genotypu jedinca pre špecifické genetické lokusy, často s využitím array technológií.

738

* **Stanovenie mutačnej záťaže:** Kvantifikácia celkového počtu somatických mutácií v nádorových bunkách, čo je dôležitý biomarker pre imunoterapie.

739

740

Po dokončení všetkých analytických krokov systém VABIS ponúka pokročilé nástroje pre **vizualizáciu** výsledkov. To môže zahŕňať interaktívne grafy, tabuľky, genómové prehliadače a iné vizuálne pomôcky, ktoré pomáhajú používateľom ľahko interpretovať komplexné genomické dáta. Vizualizácia je kľúčová pre identifikáciu vzorcov, korelácií a klinicky relevantných zistení, čím sa uzatvára celý proces spracovania genomických údajov v systéme.

741

742

743

=== 5.3.4 Jazyková podpora lokalizácia ===

744

745

Prezentačná vrstva riešenia – tenký klient v TO BE stave bude zabezpečená v slovenskom a anglickom jazyku.

746

747

748

== 5.4 Aplikačná vrstva ==

749

750

Vzhľadom na v predchádzajúcich kapitolách dokumentácie spomenutú absenciu komplexného nástroja alebo sady nástrojov pre genomický výskum alebo analýzu biologický a genomických dát sa popis architektúry riešenia sústreďuje na popis víťaznej alternatívy z multikriteriálnej analýzy.

751

752

753

=== 5.4.1 Návrh riešenia v aplikačnej vrstve architektúry ===

**Analýza NGS**

Súčasťou VABIS bude špecializované softvérové riešenie optimalizované na rýchlu a komplexnú analýzu genomických dát generovaných technológiou sekvenovania novej generácie (NGS). Riešenie bude schopné spracovať celý ľudský genóm (Whole Genome Sequencing, WGS) so sekvenačným pokrytím 45x do 60 minút, pričom bude podporovať celý analytický reťazec od primárnej analýzy až po výstupy vhodné pre klinickú interpretáciu a výskumné analýzy.

758

759

Aplikačné funkcionality analýzy NGS:

760

761

1. **Primárna analýza – Basecalling**

762

Konverzia výstupov z NGS sekvenátora (minimálne Illumina NextSeq 550, NovaSeq 6000) na nukleotidové sekvencie, pričom výsledkom sú súbory vo formáte FASTQ s priradenými kvalitatívnymi skóre pre každú bázovú pozíciu.

763

11. Konverzia BCL výstupov zo sekvenátorov (napr. Illumina NextSeq 550, NovaSeq 6000) do FASTQ súborov.

764

11. Demultiplexovanie podľa sekvenačných indexov

765

11. Pridelenie kvalitatívnych skóre ku každej báze (Q-score), výpočet metriky Q30.

766

1. **Osekávanie sekvenačných čítaní (read trimming)**

767

11. detekcia a odstránenie sekvenčných adaptérov na začiatku alebo konci čítaní;

768

11. odstránenie báz s nízkou kvalitou (napr. pod Q20) na koncoch čítania;

769

11. polyA a polyG osekávanie

770

11. definovateľné hranice minimálnej a maximálnej dĺžky orezania

771

11. generovanie QC štatistík o množstve orezaných čítaní, báz

772

1. **Zarovnanie sekvenačných čítaní (read mapping)**

773

774

Presné mapovanie sekvenčných čítaní na referenčný genóm s výstupom vo formáte BAM alebo CRAM. Riešenie musí podporovať rôzne referenčné genómy (napr. ľudský, myšací), vrátane možnosti nahratia vlastného referenčného. Systém musí podporovať prácu s lineárnymi aj pangenómami.

775

776

1.

777

11. Mapovanie čítaní na referenčný genóm (ľudský GRCh38, myšací GRCm39 a iné).

778

11. Podpora lineárnych aj pangenomických referencií (grafové genómy).

779

11. Zarovnanie generuje BAM/CRAM súbory so spracovaním duplikácií, MQ scoring, soft/hard clipping.

780

11. Výpočet QC metrik (coverage, insert size, GC bias, duplication rate).

781

782

**Procesovanie (sekvenovanie) NGS**

783

784

Softvérové riešenie určené na komplexnú analýzu biologických a genetických dát. Podporuje široké spektrum analytických, vizualizačných a integračných funkcií využiteľných v rámci výskumu a vývoja. Riešenie bude umožňovať spracovanie údajov získaných rôznymi sekvenačnými technológiami, podporovať typické bioinformatické dátové formáty a ponúkať interaktívne nástroje na vizualizáciu, anotáciu a interpretáciu sekvenčných dát. Dôležitou súčasťou riešenia je aj schopnosť integrácie s verejnými databázami.

785

786

Systém bude navrhnutý ako používateľsky prístupné prostredie s podporou automatizovaných analýz, flexibilných pracovných postupov (workflow) a jednoduchého zdieľania výsledkov v rámci tímu alebo inštitúcie. Očakáva sa, že riešenie bude podporovať moderné analytické prístupy v oblasti genetiky, genomiky, molekulárnej biológie a bioinformatiky vrátane predikčných modelov a vizualizačných nástrojov pre analýzu DNA, RNA a proteínových sekvencií. Rovnako má umožňovať efektívnu správu údajov, dizajn molekulárnych experimentov a kompatibilitu s aktuálnymi operačnými systémami a formátmi údajov bežne používanými v biologickom výskume.

787

788

Aplikačné funkcionality procesovania NGS:

789

790

1. **Spracovanie a analýza NGS dát**

791

11. Podpora úpravy sekvenačných dát (kontrola kvality, orezávanie čítaní)

792

11. Mapovanie sekvencií na referenčný genóm

793

11. De novo skladanie genómov

794

11. Identifikácia genomických SNP („Single Nucleotide Polymorphism“) variantov

795

11. Analýza génovej expresie

796

11. Analýza DNA sekvencií a chromatogramov

797

11. Zarovnanie sekvencií pomocou algoritmov: MUSCLE, MAFFT, Clustal Omega, MAUVE a LastZ

798

11. Fylogenetická analýza (tvorba stromov, zarovnanie viacerých sekvencií)

799

1. **Variantná a mikrosatelitová analýza**

800

11. Detekcia mikrosatelitov s automatickým fitovaním štandardu a detekciou peakov

801

11. Generovanie tabuliek alelických variantov s možnosťou exportu

802

11. Anotácia v reálnom čase – predikcia génov a štrukturálnych elementov

803

1. **Molekulárna biológia a klonovanie**

804

11. Návrh primerov pre PCR a iné aplikácie

805

11. Simulácia molekulárneho klonovania (podpora minimálne metód Gibson, Gateway, Golden Gate, TOPO)

806

11. Návrh CRISPR guide RNA vrátane predikcie off-target efektov

807

1. **Dátový manažment a integrácia**

808

11. Správa a verzovanie sekvenčných dát s možnosťou vyhľadávania a triedenia

809

11. Import a export údajov minimálne vo formátoch: SAM, BAM, GFF, BED, VCF, FASTA, FASTQ, GenBank

810

11. Integrácia s verejnými databázami (napr. BLAST)

811

11. Možnosť prehľadávania sekvencií a anotácií pomocou grafického rozhrania

812

1. **Automatizácia a rozšíriteľnosť**

813

11. Podpora automatizácie analýz prostredníctvom pracovných postupov (pipeline)

814

11. Podpora integrácie doplnkov (pluginov) a vlastných skriptov cez API alebo SDK

815

1. **Vizualizácia a spolupráca**

816

11. Interaktívna vizualizácia sekvencií (DNA, RNA, proteíny) a ich anotácií

817

11. Priame nahrávanie sekvencií do NCBI

**Genotypizácia**

Súčasťou VABIS bude aj softvérový nástroj určený na analýzu dát získaných metódami kapilárnej elektroforézy, používaný najmä v oblastiach molekulárnej genetiky, forenznej analýzy a biomedicínskeho výskumu. Softvér zabezpečí efektívne spracovanie a interpretáciu fragmentačných dát z rôznych typov genetických markerov vrátane mikrosatelitov, SNP a AFLP, pričom musí podporovať široké spektrum analytických prístupov od základnej genotypizácie až po pokročilú komparatívnu analýzu viacerých vzoriek.

822

823

Riešenie bude flexibilne nasaditeľné v laboratórnom prostredí, s možnosťou inštalácie na lokálne zariadenia pripojené k analytickým prístrojom aj na vzdialené pracovné stanice. Okrem štandardnej vizualizácie a spracovania dát je požadovaná integrácia funkcií pre správu výsledkov, ich archiváciu, zdieľanie v sieti a tvorbu individuálne prispôsobiteľných výstupov.

824

825

826

Aplikačné funkcionality genotypizácie a analýzy DNA fragmentov:

827

828

1. Analýza kvality DNA/alel a genotypizácia

829

1. Určenie homozygotných/heterozygotných genotypov

830

1. analýza výšky píkov, veľkosti píkov a ich plochy

831

1. Analýza AFLP

832

1. Analýza mikrosatelitov LOH

833

1. Genotypizácia mikrosatelitov a SNP (jednonukleotidové polymorfizmy)

834

1. Autoanalýza a vzdialená analýza

835

1. Porovnávanie a prekryvanie viacerých vzoriek

836

1. Prispôsobiteľné analytické tabuľky a výstupné reporty

837

838

**Podporované súbory**

839

840

Software podporuje import a/alebo konverziu formátov minimálne z nasledovných nástrojov: BED, Common Assembly Format, Clone Manager, Clustal, CS FASTA, DNAStar, DNA Strider, Embl/UniProt, Endnote (8.0) XML, Excel spreadsheet, FASTA, FASTQ, GCG, GenBank, Geneious, GFF, MEGA, Molecular structure, Newick, Nexus, PDB, PDF, Phrap ACE, PileUp, PIR/NBRF, Qual, Raw sequence text, Rich Sequence Format, Comma/Tab Separated Values, SAM/BAM, Sequence Chromatograms, SnapGene, Variant Call Format, Vector NTI sequence, Vector NTI/AlignX alignment, Vector NTI Archive, Vector NTI/ContigExpress, Vector NTI database

[[image:1757282221388-364.png]]

846

847

//Obrázok 8 Náhľad aplikačnej vrstvy architektúry – budúci stav//

848

849

850

=== 5.4.2 Rozsah informačných systémov – budúci stav (TO BE) ===

|(((

**Kód ISVS**

(z MetaIS)

)))|**Názov ISVS**|(((

857

**Modul ISVS**

858

859

(zaškrtnite, ak ISVS je modulom)

860

)))|**Stav IS VS**|**Typ IS VS**|(((

861

**Kód nadradeného ISVS**

862

863

(v prípade zaškrtnutého checkboxu pre modul ISVS)

)))

//Tabuľka 13 Rozsah informačných systémov - budúci stav (TO BE)//

868

869

870

=== 5.4.3 Využívanie nadrezortných a spoločných ISVS – AS IS ===

871

872

V súčasnosti nie sú využívané nadrezortné spoločné bloky.

873

874

875

=== 5.4.4 Prehľad plánovaných integrácií na nadrezortné ISVS – spoločné moduly podľa zákona č. 305/2013 Z.z. o e-Governmente – budúci stav (TO BE) ===

876

877

Predmetom projektu nie je integrácia na centrálne spoločné bloky.

878

879

880

=== 5.4.5 Prehľad plánovaných integrácií na iné ISVS – budúci stav (TO BE) ===

881

882

V rámci iniciačnej fázy projektovej dokumentácie nebola identifikovaná potreba integrácie IS VABIS na iné ISVS.

883

884

885

=== 5.4.6 Aplikačné služby pre Koncové služby – budúci stav (TO BE) ===

886

887

Projekt nemá koncové služby.

888

889

890

=== 5.4.7 Aplikačné služby na integráciu – budúci stav (TO BE) ===

891

892

Predmetom projektu nie je vybudovanie služieb na externú integráciu.

893

894

895

== 5.5 Dátová architektúra ==

896

897

Štruktúrovaná databáza (napr. PostgreSQL) pre správu metaúdajov a používateľských dát. Objektové úložisko pre veľké súbory (napr. FASTQ, BAM, VCF) – integrácia s technológiami ako S3, Ceph alebo iRODS. Podpora ontológií a štandardizovaných slovníkov (napr. EDAM, EFO, SNOMED CT).

898

899

900

=== 5.5.1 Objekty evidencie ===

901

902

|**ID OE**|**Objekt evidencie - názov**|**Objekt evidencie - popis**|**Referencovateľný identifikátor URI dátového prvku**

903

|IDOE1|Genomické dáta|ID genomického súboru, referencia na vzorku, typ sekvenovania, platforma sekvenovania, dátum sekvenovania, odkaz na surové dáta, verzia referenčného genómu, metadáta spracovania|Nemá

904

|IDOE2|Pacient/Subjekt|ID pacienta/subjektu, demografické údaje~,~, klinické údaje, súhlas so spracovaním údajov, stav vzorky|Nemá

905

|IDOE3|Biologická vzorka|ID vzorky, typ vzorky, dátum odberu, miesto odberu, metóda odberu, stav vzorky, miesto uskladnenia, referencia na pacienta|Nemá

906

907

//Tabuľka 14 Objekty evidencie//

908

909

910

=== 5.5.2 Referenčné údaje ===

911

912

Vzhľadom na charakter projektu a rozsah i povahu spracovaných údajov neboli v dátovom rozsahu identifikované projektu vhodné na spracovanie ako referenčné údaje.

913

914

915

=== 5.5.3 Poskytovanie údajov z ISVS do IS CPDI – budúci stav (TO BE) ===

916

917

Predmetom projektu nie poskytovanie dát do IS CPDI.

918

919

920

=== 5.5.4 Konzumovanie údajov z IS CPDI – budúci stav (TO BE) ===

921

922

Vzhľadom na charakter projektu a rozsah i povahu spracovaných údajov neboli v dátovom rozsahu projektu identifikované údaje vhodné na konzumovanie z IS CPDI.

923

924

925

=== 5.5.5 Identifikácia údajov a subjektov pre konzumovanie alebo poskytovanie údajov do/z CPDI (CSRÚ) ===

926

927

Vzhľadom na charakter projektu a rozsah i povahu spracovaných údajov neboli v dátovom rozsahu projektu identifikované vhodné údaje na konzumovanie z IS CPDI. Dátový rozsah predpokladá spracovanie údajov a výstupov aj tretími stranami, ale vzhľadom na charakter údajov budú tieto poskytované integráciami cez štandardizované aplikačné rozhranie.

928

929

930

=== 5.5.6 Kvalita a čistenie údajov ===

931

932

|**ID OE**|(((

933

**Názov Objektu evidencie**

934

935

(uvádzať OE z tabuľky v kap. 5.5.1)

936

)))|(((

937

**Významnosť kvality**

938

939

1 (malá) až 5 (veľmi významná)

940

)))|(((

941

**Citlivosť kvality**

942

943

1 (malá) až 5 (veľmi významná)

944

)))|(((

945

**Priorita //– poradie dôležitosti//**

946

947

(začnite číslovať od najdôležitejšieho)

948

)))

949

|IDOE1|Genomické dáta|5|5|1

950

|IDOE2|Pacient/Subjekt|5|5|3

951

|IDOE3|Biologická vzorka|5|5|2

952

953

//Tabuľka 15 Zhodnotenie dátovej kvality objektov evidencie//

954

955

956

|**Rola**|**Činnosti**|**Pozícia zodpovedná za danú činnosť **(správca ISVS / dodávateľ)

957

|Dátový kurátor|Evidencia požiadaviek na dátovú kvalitu, monitoring a riadenie procesu|Dátový kurátor správcu IS

958

|Databázový špecialista|Analyzuje požiadavky na dáta, modeluje obsah procedúr|Dodávateľ

959

|Dátový špecialista pre dátovú kvalitu|Spracovanie výstupov merania, interpretácie, zápis biznis pravidiel, hodnotiace správy z merania|Dátový špecialista pre dátovú kvalitu – nová interná pozícia v projekte

960

961

//Tabuľka 16 Personálne zabezpečenie a roly pri riadení dátovej kvality//

962

963

964

=== 5.5.7 Otvorené údaje ===

965

966

Vzhľadom na charakter projektu a rozsah i povahu spracovaných údajov neboli v dátovom rozsahu projektu identifikované údaje vhodné na publikovanie ako otvorené údaje.

967

968

969

=== 5.5.8 Analytické údaje ===

970

971

|**OE ID**|**Názov objektu evidencie pre analytické účely**|**Zoznam atribútov objektu evidencie**|**Popis a špecifiká objektu evidencie**

972

|IDOE1|Genomické dáta|ID genomického súboru, referencia na vzorku, typ sekvenovania, platforma sekvenovania, dátum sekvenovania, odkaz na surové dáta, verzia referenčného genómu, metadáta spracovania|Obsahuje informácie o samotných sekvenovaných dátach, ako aj o procese ich spracovania a analýzy. Tento objekt zabezpečuje sledovateľnosť a reprodukovateľnosť genomických štúdií.

973

974

//Tabuľka 17 Objekty evidencie, ktoré budú projektom pripravené pre analytické účely//

975

976

977

=== 5.5.9 Moje údaje ===

978

979

Vzhľadom na charakter projektu a rozsah i povahu spracovaných údajov neboli v dátovom rozsahu projektu identifikované údaje vhodné na publikovanie ako moje údaje.

=== 5.5.10 Prehľad jednotlivých kategórií údajov ===

984

985

|**ID**|(((

986

**Register / Objekt evidencie**

987

988

(uvádzať OE z tabuľky v kap. 5.5.1)

989

)))|**Referenčné údaje**|**Moje údaje**|**Otvorené údaje**|**Analytické údaje**

990

|IDOE1|Genomické dáta|☐|☐|☐|X

991

|IDOE2|Pacient/Subjekt|☐|☐|☐|☐

992

|IDOE3|Biologická vzorka|☐|☐|☐|☐

993

994

//Tabuľka 18 Prehľad jednotlivých kategórií údajov//

995

996

997

== 5.6Technologická architektúra ==

== ==

=== 5.6.1 Návrh riešenia technologickej architektúry ===

1002

1003

V národnom projekte VABIS je plánované zapojenie a využitie Dátového centra pre výskum a vývoj (DCVaV) CVTI SR ako kľúčového infraštruktúrneho prvku, na ktorom sa môžu koncentrovať, zakladať a rozvíjať služby v oblasti bioinformatiky v súvislosti s genomickým výskumom. DCVaV predstavuje významnú IT infraštruktúru, ktorá pre projekt VABIS poskytuje komponenty a kapacity, ako sú vysoký výpočtový výkon, úložiskové kapacity, virtualizačné prostredie a cloudové služby, ako aj bezpečnostné štandardy a ochranu dát. Týmto spôsobom sa znižujú IT bariéry projektu a centralizujú sa bioinformatické nástroje a služby pod gesciou a dohľadom štátnej organizácie CVTI SR.

1004

1005

Základom infraštruktúry CVTI SR je Dátové centrum pre výskum a vývoj (ďalej len „DCVaV“), ktoré bolo vybudované ako moderné, vysoko dostupné a bezpečné dátové centrum s cieľom podpory výskumných a vývojových aktivít na Slovensku. DCVaV je primárne určené pre akademickú obec, výskumných pracovníkov, inovátorov a odbornú komunitu, ktorým poskytuje prístup k výkonným výpočtovým zdrojom a dátovým službám nevyhnutným na realizáciu ich vedeckých aktivít. DCVaV disponuje systémom IBM FlashSystem s kapacitou viac ako 4 PB vysokorýchlostného úložiska, čo výrazne zvyšuje dostupnosť a výkon pri práci s dátami v rámci výskumných projektov. Na zabezpečenie ochrany údajov a ich dlhodobej archivácie sa využíva pásková knižnica s celkovou kapacitou 12 PB, určená na zálohovanie dát. Výpočtové kapacity centra sú robustné a zahŕňajú 10 samostatných serverov s procesormi AMD EPYC a 47 HP Blade serverov s procesormi Intel Xeon, ktoré spolu poskytujú výpočtový výkon presahujúci 4000 GHz a operačnú pamäť s kapacitou viac ako 33 TB. Táto rozsiahla infraštruktúra vytvára technologický základ pre realizáciu výpočtovo náročných úloh v rámci pokročilých výskumných a vývojových projektov.

1006

1007

1008

=== 5.6.2 Požiadavky na výkonnostné parametre, kapacitné požiadavky – budúci stav (TO BE) ===

1009

1010

|**Parameter**|**Jednotky**|**Predpokladaná hodnota**|**Poznámka**

1011

|Počet interných používateľov|Počet|20|

1012

|Počet súčasne pracujúcich interných používateľov v špičkovom zaťažení|Počet|20|

1013

|Počet externých používateľov (internet)|Počet|90|

1014

|Počet externých používateľov používajúcich systém v špičkovom zaťažení|Počet|70|

1015

|Počet transakcií (podaní, požiadaviek) za obdobie|Počet/obdobie|TBD|

1016

|Objem údajov na transakciu|Objem/transakcia|TBD|

1017

|Objem existujúcich kmeňových dát|Objem|TBD|

1018

|Ďalšie kapacitné a výkonové požiadavky ...| | |

1019

1020

//Tabuľka 19 Požiadavky na výkonnostné parametre, kapacitné požiadavky – budúci stav (TO BE)//

1021

1022

1023

=== 5.6.3 Využívanie služieb z katalógu služieb vládneho cloudu ===

1024

1025

Vzhľadom na charakter a rozsah projektu, ako aj dostatočné prevádzkové kapacity žiadateľa bude riešenie prevádzkované na existujúcej infraštruktúre žiadateľa, viď kapitola 5.6.1.

1026

1027

1028

== 5.7 Bezpečnostná architektúra ==

1029

1030

===

1031

5.7.1 Návrh riešenia bezpečnosti ===

1032

1033

Softvérová a súvisiaca hardvérová a sieťová infraštruktúra, v rámci ktorej bude prevádzkované riešenie, bude kontinuálne aktualizovaná proti najnovším bezpečnostným hrozbám. Bude zabezpečený monitoring sieťových prístupov, bezpečnosti údajov na diskových poliach, ako aj logovanie prístupov a zmien. Budú využívané analytické nástroje pre monitorovanie a vyhodnocovanie bezpečnosti. V rámci IKT vybavenia budú zabezpečené nástroje pre ochranu proti škodlivému softvéru.

1034

1035

Riešenie bude v súlade s nasledujúcimi právnymi normami v aktuálnom znení, ktoré stanovujú úroveň potrebnej bezpečnosti IS:

1036

1037

* Zákon č. 95/2019 Z.z. o informačných technológiách vo verejnej správe

1038

* Zákon č. 69/2018 Z.z. o kybernetickej bezpečnosti

1039

* Zákon č. 45/2011 Z.z. o kritickej infraštruktúre

1040

* Vyhláška Úradu podpredsedu vlády Slovenskej republiky pre investície a informatizáciu č. 78/2020 Z. z. o štandardoch pre informačné technológie verejnej správy

1041

* Vyhláška Úradu podpredsedu vlády Slovenskej republiky pre investície a informatizáciu č. 179/2020 Z. z., ktorou sa ustanovuje spôsob kategorizácie a obsah bezpečnostných opatrení informačných technológií verejnej správy

1042

* Vyhláška Úradu na ochranu osobných údajov Slovenskej republiky č. 158/2018 Z. z. o postupe pri posudzovaní vplyvu na ochranu osobných údajov

1043

* Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) 2016/679 z 27. apríla 2016 o ochrane fyzických osôb pri spracúvaní osobných údajov a o voľnom pohybe takýchto údajov, ktorým sa zrušuje smernica 95/46/ES (všeobecné nariadenie o ochrane údajov)

1044

* Zákon č. 18/2018 Z. z. o ochrane osobných údajov a o zmene a doplnení niektorých zákonov.

1045

1046

=== 5.7.2 Určenie obsahu bezpečnostných opatrení ===

1047

1048

V rámci projektu bude vypracovaný bezpečnostný projekt, ak si to vyžiada detailné posúdenie potrieb projektu, obsahujúci bezpečnostné opatrenia, minimálne v rozsahu:

1049

1050

* Technické opatrenie realizované prostriedkami fyzickej povahy, zabezpečenie objektu pomocou mechanických zábranných prostriedkov

1051

* Riadenie prístupu poverených osôb, riadenie prístupov a opatrenia na zaručenie platných politík riadenia prístupov

1052

* Ochrana pred neoprávneným prístupom, šifrová ochrana uložených a prenášaných údajov, pravidlá pre kryptografické opatrenia;

1053

* Autentizácia a autorizácia osôb v informačnom systéme

1054

* Riadenie zraniteľností, opatrenia na detekciu a odstránenie škodlivého kódu a nápravu následkov škodlivého kódu; ochrana pred nevyžiadanou elektronickou poštou;

1055

* Sieťová bezpečnosť, kontrola obmedzenie alebo zamedzenie prepojenia informačného systému, v ktorom sú spracúvané osobné údaje s verejne prístupnou počítačovou sieťou;

1056

* Zálohovanie, test funkčnosti záložných dátových nosičov;

1057

* Likvidácia osobných údajov a dátových nosičov, technické opatrenia na bezpečné vymazanie osobných údajov z dátových nosičov...

1058

* Súlad s bezpečnostnými štandardmi, právnymi predpismi.

1059

1060

Samotný bezpečnostný projekt bude popísaný v samostatnom dokumente Bezpečnostný projekt, ktorý je výstupom etapy R3-4 a jeho náležitosti ustanovuje príloha č. 3 vyhlášky ÚPVII č. 179/2020 Z. z., ktorou sa ustanovuje spôsob kategorizácie a obsah bezpečnostných opatrení informačných technológií verejnej správy.

1061

1062

1063

|//Obsah bezpečnostných opatrení podľa vyhlášky ÚPVII č. 179/2020 Z. z//|//Aplikované opatrenia//|//Aplikovaná legislatíva//

1064

|//Minimálne bezpečnostné opatrenia Kategórie I//|//Áno//|//§3 ods.2 písm. c) vyhlášky 179/2020//

1065

|//Minimálne bezpečnostné opatrenia Kategórie II//|//Nie//|//Uveďte aplikovateľný odsek §3 vyhlášky 179/2020 vzťahujúci sa na vašu organizáciu, projekt a budované aktíva//

1066

|//Minimálne bezpečnostné opatrenia Kategórie III//|//Nie//|//Uveďte aplikovateľný odsek §3 vyhlášky 179/2020 vzťahujúci sa na vašu organizáciu, projekt a budované aktíva//

1067

|//Bezpečnostný projekt//|//Áno//|//§ 23 ods. 1 a 2 zákona 95/2019 Z.z.//

1068

|//Bezpečnostné opatrenia podľa osobitného predpisu//|//Áno//|//Viď kapitola 5.7.1//

1069

1070

//Tabuľka 20 Určenie zdrojov a obsahu minimálnych bezpečnostných opatrení //

1071

1072

1073

=== 5.7.3 Legislatívne, právne, štatutárne, regulačné a zmluvné požiadavky ===

1074

1075

Základný legislatívny rámec, ktorý ohraničuje nastavenie projektu:

1076

1077

• Zákon č. 131/2002 Z. z. o vysokých školách a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov;

1078

1079

• Zákon č. 172/2005 Z. z. o organizácii štátnej podpory výskumu a vývoja a o doplnení zákona č. 575/2001 Z. z. o organizácii činnosti vlády a organizácii ústrednej štátnej správy v znení neskorších predpisov;

1080

1081

• Zákon č. 185/2009 Z. z. o stimuloch pre výskum a vývoj a o doplnení zákona č. 595/2003 Z. z. o dani z príjmov v znení neskorších predpisov;

1082

1083

• Zákon č. 95/2019 Z. z. Zákon o informačných technológiách vo verejnej správe a o zmene a doplnení niektorých zákonov;

1084

1085

• Vyhláška č. 401/2023 Z.z. Ministerstva investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie Slovenskej republiky o riadení projektov a zmenových požiadaviek v prevádzke informačných technológií verejnej správy;

1086

1087

• Vyhláška č. 547/2021 Z.z. Ministerstva investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie Slovenskej republiky o elektronizácii agendy verejnej správy;

1088

1089

• Vyhláška Ministerstva školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky č. 397/2020 Z. z. o centrálnom registri evidencie publikačnej činnosti a centrálnom registri evidencie umeleckej činnosti;

1090

1091

• Výnos Ministerstva školstva Slovenskej republiky z 15. mája 2009 č. CD-2009-18616/1291-1:11 o podrobnostiach o štruktúre, postupe a lehotách na poskytovanie informácií a o podrobnostiach o prevádzkovaní informačného systému Ministerstva školstva Slovenskej republiky o výskume a vývoji;

1092

1093

• Výnos Ministerstva školstva Slovenskej republiky z 15. mája 2009 č. CD-2009-20239/4722-1:11 o spôsobe a postupe hodnotenia spôsobilosti osôb na vykonávanie výskumu a vývoja;

1094

1095

• Výnos Ministerstva školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky z 5. marca 2015 č. 2015-7174/11543:7-15AA, ktorým sa mení výnos Ministerstva školstva Slovenskej republiky z 12. augusta 2009 č. CD-2009-23752/12736-1:11 o stimuloch pre výskum a vývoj;

1096

1097

• Zákon č. 540/2001 Z. z. o štátnej štatistike;

1098

1099

• Zákon č. 211/2000 Z. z. o slobodnom prístupe k informáciám (zákon o slobode informácií);

1100

1101

• Zákon č. 177/2018 Z. z. o niektorých opatreniach na znižovanie administratívnej záťaže využívaním informačných systémov verejnej správy;

1102

1103

• Zákon č. 69/2018 Z. z. o kybernetickej bezpečnosti;

1104

1105

• Zákon č. 45/2011 Z.z. o kritickej infraštruktúre;

1106

1107

• Vyhláška Úradu podpredsedu vlády Slovenskej republiky pre investície a informatizáciu č. 78/2020 Z. z. o štandardoch pre informačné technológie verejnej správy;

1108

1109

• Vyhláška Úradu podpredsedu vlády Slovenskej republiky pre investície a informatizáciu č. 179/2020 Z. z., ktorou sa ustanovuje spôsob kategorizácie a obsah bezpečnostných opatrení informačných technológií verejnej správy;

1110

1111

• Vyhláška Úradu na ochranu osobných údajov Slovenskej republiky č. 158/2018 Z. z. o postupe pri posudzovaní vplyvu na ochranu osobných údajov;

1112

1113

• Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) 2016/679 z 27. apríla 2016 o ochrane fyzických osôb pri spracúvaní osobných údajov a o voľnom pohybe takýchto údajov, ktorým sa zrušuje smernica 95/46/ES (všeobecné nariadenie o ochrane údajov) (ďalej len „nariadenie GDPR“);

1114

1115

• Zákon č. 18/2018 Z. z. o ochrane osobných údajov a o zmene a doplnení niektorých zákonov;

1116

1117

• Zákon č. 126/2015 Z. z. o knižniciach a o zmene a doplnení niektorých zákonov (úplné znenie);

1118

1119

• Vyhláška MK SR č. 201/2016 Z. z., ktorou sa ustanovujú podrobnosti o spôsobe vedenia odbornej evidencie knižničných dokumentov a o revízii a vyraďovaní knižničného fondu v knižniciach;

1120

1121

• Zákon č. 185/2015 Z. z. Autorský zákon;

1122

1123

• Zákon č. 395/2002 Z. z. o archívoch a registratúrach (úplné znenie s novelizáciami)

1124

1125

• Vyhláška Ministerstva vnútra SR č. 628/2002 Z. z., ktorou sa vykonávajú niektoré ustanovenia zákona o archívoch a registratúrach (úplné znenie s novelizáciami);

1126

1127

• Zákon č. 206/2009 Z. z. o múzeách a o galériách a o ochrane predmetov kultúrnej hodnoty (úplné znenie);

1128

1129

• Zákon č. 18/2018 Z. z. o ochrane osobných údajov, účinnosť od 25. mája 2018.

1130

1131

1132

=== 5.7.4 Riešenie autentifikácie a prístupov používateľov ===

1133

1134

Autentifikácia a manažment prístupov používateľov bude riešený hybridne pomocou kombinácie mena a hesla. V rámci systému a jeho častí bude aplikovaná taká metóda overenia totožnosti, ktorá umožňuje používateľom prihlásiť sa len raz pomocou jedných prihlasovacích údajov (napríklad meno a heslo) a následne získať prístup k viacerým nezávislým softvérovým systémom alebo aplikáciám bez toho, aby sa museli prihlasovať do každej z nich zvlášť, teda tzv. single sign on.

1135

1136

1137

= 6. PREVÁDZKA A ÚDRŽBA VÝSTUPOV PROJEKTU =

1138

1139

1140

== 6.1 Návrh riešenia prevádzky a údržby ==

1141

1142

Dodávkou služieb budú zabezpečené nasledovné funkcie prevádzky:

1143

1144

* udržanie funkčnosti/dostupnosti VABIS,

1145

* udržanie prepojenia s aplikáciami CVTI SR,

1146

* užívateľské oprávnenia a kontroly systému,

1147

* pravidelná profylaktika min. 6 hodín mesačne,

1148

* hot line v čase 8:00 – 18:00 počas 5 pracovných dní v týždni,

1149

* odstránenie verejným obstarávateľom nahlásených chýb v časoch podľa klasifikácie.

1150

1151

== 6.2 Zabezpečenie podpory používateľov a prevádzky ==

1152

1153

Prevádzkové požiadavky budú zabezpečené na úrovni podpory L1, L2 a L3.

1154

1155

Help Desk bude realizovaný cez 3 úrovne podpory s nasledujúcim označením:

1156

1157

* L1 podpora - začiatočná úroveň podpory, ktorá je zodpovedná za riešenie základných problémov a požiadaviek koncových užívateľov a ďalšie služby vyžadujúce základnú úroveň technickej podpory. Základnou funkciou podpory 1. stupňa je zhromaždiť informácie, previesť základnú analýzu a určiť príčinu problému a jeho klasifikáciu. Typicky sú v úrovni L1 riešené priamočiare a jednoduché problémy a základné diagnostiky, overenie dostupnosti jednotlivých vrstiev infraštruktúry (sieťové, operačné, vizualizačné, aplikačné atď.) a základné užívateľské problémy (typicky zabudnutie hesla), overovanie nastavení SW a HW atď.

1158

* L2 podpora - riešiteľské tímy s hlbšou technologickou znalosťou danej oblasti. Riešitelia na úrovni Podpory L2 nekomunikujú priamo s koncovým užívateľom, ale sú zodpovední za poskytovanie súčinnosti riešiteľom 1. úrovne podpory pri riešení eskalovaného hlásenia, čo mimo iného obsahuje aj spätnú kontrolu a podrobnejšiu analýzu zistených dát predaných riešiteľom 1. úrovne podpory. Výstupom takejto kontroly môže byť potvrdenie, upresnenie, alebo prehodnotenie hlásenia v závislosti od potrieb Objednávateľa. Primárnym cieľom riešiteľov na úrovni Podpory L2 je dostať Hlásenie čo najskôr pod kontrolu a následne ho vyriešiť - s možnosťou eskalácie na vyššiu úroveň podpory – Podpora L3.

1159

* L3 podpora - Podpora 3. stupňa predstavuje najvyššiu úroveň podpory pre riešenie tých najobtiažnejších hlásení, vrátane prevádzania hĺbkových analýz a riešenie extrémnych prípadov, ktorú bude zabezpečovať výrobca implementovaných nástrojov.

1160

1161

Prevádzka implementovaných nástrojov v rámci projektu L1 až L2 bude zabezpečená internými zamestnancami CVTI. V prípade nevyhnutnej potreby bude zabezpečená L3 podpora výrobcu implementovaných nástrojov, ktorá bude financovaná z vlastných zdrojov.

|//Podpora//|(((

//Poskytovateľ//

//(subjekt zodpovedný za poskytnutie podpory)//

1168

)))|//Požadovaný Čas dostupnosti//|//STAV zabezpečenia//|(((

1169

//Pozn.//

1170

1171

//(napr. známe obmedzenia služby, špeciálne zodpovednosti, a pod.)//

1172

)))

1173

|**//Podpora L1 - //**//jednotný kontaktný bod//|//Oddelenie prevádzky IT//|//8:00-18:00//|//Zriadené interne//|// //

1174

|**//Podpora L2//**|//Oddelenie prevádzky IT//|//8:00-18:00//|//Zriadené interne//|// //

1175

|**//Podpora L3//**|//Dodávateľ//|//8:00-18:00//|//Zmluva o podpore prevádzky//|// //

1176

|**//Podpora infraštruktúrnych služieb//**|//Prevádzkovateľ cloudovej služby//|// //|//Zmluva o podpore prevádzky//|// //

1177

1178

//Tabuľka 21 Prehľad riešenia zabezpečenia podpory používateľov a prevádzky//

1179

1180

1181

== 6.3 Riešenie incidentov v prevádzke - parametre úrovní služby ==

1182

1183

Parametre služby riešenia incidentov v prevádzke sú špecifikované na základe určenia priority incidentu pomocou kombinácie jeho naliehavosti a dopadu podľa najlepších skúseností z praxe (best practice) z oblasti manažmentu IT služieb (Information Technology Infrastructure Library - ITIL V3) nasledovným spôsobom:

1184

1185

1186

Incident - za incident je považovaná každá nahlásená alebo inak zistená relevantná skutočnosť týkajúca sa aktíva (informačného systému) alebo jeho časti, ktorého nedostupnosť alebo nefunkčnosť má vplyv na poskytovanie služieb.

**~ **

|**klasifikácia naliehavosti incidentu**|**Závažnosť incidentu**|**Popis naliehavosti incidentu**

1191

|**A**|**Kritická**|**Kritické chyby, ktoré spôsobia úplné zlyhanie systému ako celku a nie je možné používať ani jednu jeho časť, nie je možné poskytnúť požadovaný výstup z IS.**

1192

|**B**|**Vysoká**|**Chyby a nedostatky, ktoré zapríčinia čiastočné zlyhanie systému a neumožňuje používať časť systému.**

1193

|**C**|**Stredná**|**Chyby a nedostatky, ktoré spôsobia čiastočné obmedzenia používania systému.**

1194

|**D**|**Nízka**|**Kozmetické a drobné chyby.**

1195

1196

//Tabuľka 22 Klasifikácia Naliehavosti incidentu//

1197

1198

|**Klasifikácia závažnosti incidentu**|(((

**~ **

**Dopad**

)))|**Popis dopadu**

|**1**|**katastrofický**|**katastrofický dopad, priamy finančný dopad alebo strata dát,**

1204

|**2**|**značný**|**značný dopad alebo strata dát**

1205

|**3**|**malý**|**malý dopad alebo strata dát**

1206

1207

//Tabuľka 23 Klasifikácia Závažnosti incidentu//

1208

1209

**Určenie priority incidentu je kombináciou dopadu a naliehavosti podľa nasledovnej matice:**

1210

1211

|(% colspan="2" rowspan="2" %)**Matica priority incidentov**|(% colspan="3" %)**Dopad**

1212

|**Katastrofický - 1**|**Značný - 2**|**Malý - 3**

1213

|(% rowspan="4" %)**Naliehavosť**|**Kritická - A**|**1**|**2**|**3**

1214

|**Vysoká - B**|**2**|**3**|**3**

1215

|**Stredná - C**|**2**|**3**|**4**

1216

|**Nízka - D**|**3**|**4**|**4**

1217

1218

//Tabuľka 24 Určenie priority incidentu//

1219

1220

1221

**Parametre služby Riešenia incidentov v prevádzke:**

1222

1223

|Označenie priority incidentu|Reakčná doba^^(1)^^ od nahlásenia incidentu po začiatok riešenia incidentu|Doba konečného vyriešenia incidentu od nahlásenia incidentu (DKVI) ^^(2)^^|(((

1224

Spoľahlivosť ^^(3)^^

1225

1226

(počet incidentov za mesiac)

1227

)))

1228

|1|24 hod.|5 pracovných dní|1

1229

|2|48 hod.|15 pracovných dní|2

1230

|3|48 hod.|20 pracovných dní|10

1231

|4|48 hod.|(% colspan="2" %)Vyriešené a nasadené v rámci plánovaných releasov (vydaní novej verzie programového vybavenia a konfigurácie)

1232

1233

//Tabuľka 25 Parametre služby Riešenia incidentov v prevádzke//

1234

1235

Vysvetlivky k tabuľke

1236

1237

(1) **Reakčná doba** je čas medzi nahlásením incidentu verejným obstarávateľom (vrátane užívateľov IS, ktorí nie sú v pracovnoprávnom vzťahu s verejným obstarávateľom) na helpdesk úrovne L3 a jeho prevzatím na riešenie.

1238

1239

(2) **DKVI **(Doba konečného vyriešenia incidentu) - znamená čas obnovenia štandardnej prevádzky - čas medzi nahlásením incidentu verejným obstarávateľom a vyriešením incidentu poskytovateľom podpory (do doby, kedy je funkčnosť prostredia znovu obnovená v plnom rozsahu). Doba konečného vyriešenia incidentu od nahlásenia incidentu verejným obstarávateľom sa počíta počas celého dňa. Do tejto doby sa nezarátava čas potrebný na nevyhnutnú súčinnosť verejného obstarávateľa, ak je potrebná pre vyriešenie incidentu. V prípade potreby je poskytovateľ podpory oprávnený požadovať od verejného obstarávateľa schválenie riešenia incidentu.

1240

1241

(3) **Spoľahlivosť** - maximálny počet incidentov za kalendárny mesiac. Každá ďalšia chyba nad stanovený limit spoľahlivosti sa počíta ako začatý deň omeškania bez odstránenia vady alebo incidentu. Duplicitné alebo technicky súvisiace incidenty (zadané v rámci jedného pracovného dňa, počas pracovného času 8 hodín) sú považované ako jeden incident.

1242

1243

(4) Incidenty nahlásené verejným obstarávateľom poskytovateľovi podpory v rámci testovacieho prostredia majú prioritu 3 a nižšiu. Vzťahujú sa výhradne k dostupnosti testovacieho prostredia. Za incident v testovacom prostredí sa nepovažuje incident vztiahnutý k práve testovanej funkcionalite.

1244

1245

1246

Vyššie uvedené SLA parametre nebudú použité pre nasledovné služby:

1247

1248

* Služby systémovej podpory na požiadanie (nad paušál)

1249

* Služby realizácie aplikačných zmien vyplývajúcich z legislatívnych a metodických zmien (nad paušál)

1250

1251

Pre tieto služby budú dohodnuté osobitné parametre dodávky.

1252

1253

1254

== 6.4 Požadovaná dostupnosť informačného systému: ==

1255

1256

|Popis|Parameter|Upresnenie

1257

|Prevádzkové hodiny|12 hodín|od 8:00 hod. - do 18:00 hod. počas pracovných dní

1258

|(% rowspan="2" %)Servisné okno|10 hodín|od 19:00 hod. - do 5:00 hod. počas pracovných dní

1259

|24 hodín|(((

1260

od 00:00 hod. - 23:59 hod. počas dní pracovného pokoja a štátnych sviatkov

1261

1262

Servis a údržba sa bude realizovať mimo pracovného času.

1263

)))

1264

|Dostupnosť produkčného prostredia IS|98,5%|(((

1265

98% z 24/7/365 t.j. max ročný výpadok je 18,25 dňa.

1266

1267

Maximálny mesačný výpadok je 5,5 hodiny.

1268

1269

Vždy sa za takúto dobu považuje čas od 0.00 hod. do 23.59 hod. počas pracovných dní v týždni.

1270

1271

Nedostupnosť IS sa počíta od nahlásenia incidentu Zákazníkom v čase dostupnosti podpory Poskytovateľa (t.j. nahlásenie incidentu na L3 v čase od 6:00 hod. - do 18:00 hod. počas pracovných dní). Do dostupnosti IS nie sú započítavané servisné okná a plánované odstávky IS.

1272

1273

V prípade nedodržania dostupnosti IS bude každý ďalší začatý pracovný deň nedostupnosti braný ako deň omeškania bez odstránenia vady alebo incidentu.

1274

)))

1275

|[[RTO (Recovery Time Objective)>>url:https://d.docs.live.net/b554528c6fc239b1/Po%C4%8D%C3%ADta%C4%8D/porno/CVTI/NVK/I-02_PROJEKTOVY_ZAMER_Projekt_NVK_v07.docx#_RTO_(Recovery_Time]]|4 hodiny|RTO vyjadruje množstvo času potrebné pre obnovenie dát a celej prevádzky nedostupného systému

1276

|RPO (Recovery Point Objective)|6 hodín|RPO vyjadruje, do akého času (bodu) v minulosti možno obnoviť dáta, t.j. rozsah dát, o ktoré môže organizácia prísť

1277

1278

//Tabuľka 26 Požadovaná dostupnosť//

1279

1280

== 6.5 Požiadavky na ľudské zdroje potrebné pre zabezpečenie prevádzky ==

1281

1282

Vzhľadom na plánovanú prevádzku na existujúcej infraštruktúre si prevádzka nebude vyžadovať dodatočné školenia personálu.

1283

1284

1285

== 6.6 Požiadavky na zdrojové kódy ==

1286

1287

Súčasťou dodávky budú aj zdrojové kódy k vytvorenému riešeniu, pokiaľ to nevylučujú licenčné podmienky tretích osôb vo vzťahu k štandardným Softvérovým produktom, s komentármi a technickým popisom, a to pre prevádzkové a testovacie verzie počítačových programov a práva na ich zverejnenie v centrálnom repozitári zdrojových kódov podľa § 15 ods. 2 písm. d) Zákona o informačných technológiách vo verejnej správe a § 31 vyhlášky Úradu podpredsedu vlády Slovenskej republiky pre investície a informatizáciu o štandardoch pre informačné technológie verejnej správy č. 78/2020 Z. z., a iného predpisu, ktorý môže v budúcnosti Vyhlášku č. 78/2020 Z. z. nahradiť alebo doplniť.

1288

1289

CVTI plánuje pri obstarávaní postupovať v zmysle vzoru Zmluvy o dielo. Zmluvnú úpravu predkladáme nasledujúcu:

1290

1291

· Zhotoviteľ je povinný pri akceptácii Informačného systému odovzdať Objednávateľovi funkčné vývojové a produkčné prostredie, ktoré je súčasťou Informačného systému

1292

1293

· Zhotoviteľ je povinný pri akceptácii Informačného systému alebo jeho časti odovzdať Objednávateľovi Vytvorený zdrojový kód v jeho úplnej aktuálnej podobe, zapečatený, na neprepisovateľnom technickom nosiči dát s označením časti a verzie Informačného systému, ktorej sa týka. Za odovzdanie Vytvoreného zdrojového kódu Objednávateľovi sa na účely tejto Zmluvy o dielo rozumie odovzdanie technického nosiča dát Oprávnenej osobe Objednávateľa. O odovzdaní a prevzatí technického nosiča dát bude oboma Zmluvnými stranami spísaný a podpísaný preberací protokol.

1294

1295

· Informačný systém (Dielo) v súlade s Technickou špecifikáciou obsahuje od zvyšku Diela oddeliteľný modul (časť) vytvorený Zhotoviteľom pri plnení tejto Zmluvy o dielo, ktorý je bez úpravy použiteľný aj tretími osobami, aj na iné alebo podobné účely, ako je účel vyplývajúci z tejto Zmluvy o dielo (ďalej ako „Modul"). A to najmä pre modul Karta občana. Vytvorený zdrojový kód Informačného systému (s výnimkou Modulu) vrátane jeho dokumentácie bude prístupný v režime podľa § 31 ods. 4 písm. b) Vyhlášky č. 78/2020 (s obmedzenou dostupnosťou pre orgán vedenia a orgány riadenia v zmysle Zákona o ITVS – vytvorený zdrojový kód je dostupný len pre orgán vedenia a orgány riadenia). Pre zamedzenie pochybností uvádzame, že sa jedná len o zdrojový kód ktorý Dodávateľ vytvoril, alebo pozmenil v súvislosti s realizáciou diela. Objednávateľ je oprávnený sprístupniť Vytvorený zdrojový kód okrem orgánov podľa predchádzajúcej vety aj tretím osobám, ale len na špecifický účel, na základe riadne uzatvorenej písomnej zmluvy o mlčanlivosti a ochrane dôverných informácií.

1296

1297

· Ak je medzi zmluvnými stranami uzatvorená SLA zmluva, od prevzatia Informačného systému sa prístup k vytvorenému zdrojovému kódu vo vývojovom a produkčnom prostredí, vrátane nakladania s týmto zdrojovým kódom, začne riadiť podmienkami dohodnutými v SLA zmluve.

1298

1299

· Vytvorený zdrojový kód musí byť v podobe, ktorá zaručuje možnosť overenia, že je kompletný a v správnej verzii, t. j. v takej, ktorá umožňuje kompiláciu, inštaláciu, spustenie a overenie funkcionality, a to vrátane kompletnej dokumentácie zdrojového kódu (napr. interfejsov a pod.) takéhoto Informačného systému alebo jeho časti. Zároveň odovzdaný Vytvorený zdrojový kód musí byť pokrytý testami (aspoň na 90%) a dosahovať rating kvality (statická analýza kódu) podľa CodeClimate/CodeQLa pod. (minimálne stupňa B).

1300

1301

· Pre zamedzenie pochybností, povinnosti Zhotoviteľa týkajúce sa Vytvoreného zdrojového kódu platia i na akékoľvek opravy, zmeny, doplnenia, upgrade alebo update Vytvoreného zdrojového kódu a/alebo vyššie uvedenej dokumentácie, ku ktorým dôjde pri plnení tejto Zmluvy o dielo alebo v rámci záručných opráv. Vytvorené zdrojové kódy budú vytvorené vyexportovaním z produkčného prostredia a budú odovzdané Objednávateľovi na elektronickom médiu v zapečatenom obale. Zhotoviteľ je povinný umožniť Objednávateľovi pri odovzdávaní Vytvoreného zdrojového kódu, pred zapečatením obalu, skontrolovať v priestoroch Objednávateľa prítomnosť Vytvoreného zdrojového kódu na odovzdávanom elektronickom médiu.

1302

1303

· Nebezpečenstvo poškodenia zdrojových kódov prechádza na Objednávateľa momentom prevzatia Informačného systému alebo jeho časti, pričom Objednávateľ sa zaväzuje uložiť zdrojové kódy takým spôsobom, aby zamedzil akémukoľvek neoprávnenému prístupu tretej osoby. Momentom platnosti SLA zmluvy umožní Objednávateľ poskytovateľovi, za predpokladu, že to je nevyhnutné, prístup k Vytvorenému zdrojovému kódu výlučne na účely plnenia povinností z uzatvorenej SLA zmluvy.

1304

1305

1306

= 7. OPIS IMPLEMENTÁCIE PROJEKTU A PREBERANIA VÝSTUPOV PROJEKTU =

1307

1308

Implementácia a preberanie výstupov projektu bude realizované v súlade s Vyhláškou Ministerstva investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie Slovenskej republiky č. 401/2023 Z. z. o riadení projektov a zmenových požiadaviek v prevádzke informačných technológií verejnej správy v zmysle ustanovení podľa § 5 a nasledovných ustanovení.

1309

1310

Zároveň pri finálnej akceptácii dodaného diela dodávateľ odovzdá na základe preberacieho a akceptačného protokolu plne funkčné zdrojové kódy na USB nosiči.

1311

1312

Výstupom projektu je funkčný, stabilný, efektívny a bezpečný systém. Výstupom bude aj dodanie používateľskej príručky, inštalačnej príručky a pokynov na inštaláciu (úvodnú/opakovanú), prevádzkový opis a pokyny pre servis, údržbu a diagnostiku, pokyny na obnovu pri výpadku alebo havárii (Havarijný plán) a bezpečnostný projekt.

1313

1314

Realizácia projektu bude v zmysle vyhlášky MIRRI SR č. 401/2023 Z. z. pozostávať z nižšie uvedených etáp:

· Analýza a dizajn,

· Nákup technických prostriedkov, programových prostriedkov a služieb

1319

1320

· Implementácia a testovanie,

· Nasadenie.

CVTI bude pri implementácii postupovať v zmysle vyhlášky MIRRI SR č. 401/2023 Z. z. Pre implementované zmeny budú dodané nasledovné špecializované a manažérske produkty, ktoré budú kompletne pokrývať celý rozsah dodávky popísaný v biznis, aplikačnej a technologickej architektúre a požadované výstupy budú dodávane primerane vzhľadom na charakter projektu.

1325

1326

1327

|**Etapa**|**Požadované výstupy**

|(((

**R1**

**Analýza a dizajn**

)))|(((

**~ **

**R-01 Projektový iniciálny dokument (PID) pre všetky funkčné oblasti**

Zoznam požiadaviek

Akceptačné kritériá

Rámcová špecifikácia riešenia (Popis produktu, Dekompozícia produktu, Vývojový diagram produktu)

Biznis architektúra

Aplikačná architektúra

1346

1347

Technologická architektúra – časť systémová architektúra

1348

1349

Bezpečnostná architektúra

Stratégia testovania

Plán testovania

Testovacie scenáre a prípady

1356

1357

1358

**R1-1 Detailný návrh riešenia (DNR )**

1359

1360

(1) Zámer riešenia, analýza požiadaviek, používateľský prieskum a motivačná architektúra (2) Popis postupu analýzy a návrhu riešenia

1361

1362

(3) Biznis architektúra * a. Existujúca a cieľová biznis architektúra b. Procesy podporované navrhovaným riešením c. Vytvorenie informačnej architektúry a mapovanie používateľskej cesty d. Vytvorenie grafického návrhu a prototypu používateľského rozhrania (UX, UI) voliteľné ÁNO ÁNO ÁNO ÁNO e. Prípady použitia (use case model)

1363

1364

(4) Dátová architektúra

1365

1366

(5) Aplikačná architektúra * a. Existujúca a budúca aplikačná architektúra b. Aplikačné komponenty a ich vzťah k biznis komponentom a funkčným požiadavkám c. Integrácie – Komunikácia medzi komponentami (OpenAPI)

1367

1368

(6) Technologická architektúra * a. Existujúca a budúca technologická architektúra b. Technologické komponenty riešenia a ich vzťah k aplikačným komponentom

1369

1370

(7) Softvérové licencie a zdrojové kódy

1371

1372

(8) Požiadavky na úrovne služieb (SLA) a výkonnosť

1373

1374

(9) Zabezpečenie dostupnosti, zálohovanie a obnova riešenia

1375

1376

(10) Bezpečnosť – riešenie požiadaviek na bezpečnosť

(11) Migrácia dát

(12) Harmonogram realizácie a nasadenia, závislosti

1381

1382

1383

**R1 - 2 Plán a stratégia testovania**

1384

1385

(1) Testovacie prípady (UC/TC)

1386

1387

(2) Testovacie prostredia

(3) Testovacie dáta

(4) Defekt manažment, monitoring a reporting test

)))

|(((

**R2**

**Nákup technických prostriedkov, programových prostriedkov a služieb**

1399

)))|**R2-2 Obstaranie programových prostriedkov a služieb**

|(((

**R3**

**Implementácia a testovanie**

)))|(((

**~ **

**R3-1 Vývoj, migrácia údajov a integrácií**

**R3-2 Testovanie**

(1) Funkčné testovanie (FAT)

1412

1413

(2) Systémové a integračné testovanie (SIT)

1414

1415

(3) Záťažové a výkonnostné testovanie

1416

1417

(4) Bezpečnostné testovanie (SW/HW a kybernetická bezpečnosť)

1418

1419

(5) Používateľské testy funkčného používateľského rozhrania (UX)

1420

1421

(6) Používateľské akceptačné testovanie (UAT)

**~ **

**R3-4 Dokumentácia**

Aplikačná príručka

Používateľská príručka

)))

|(((

**R4**

**Nasadenie**

)))|(((

**~ **

**R4-1 Nasadenie do produkčnej prevádzky**

1439

1440

Príprava produkčného prostredia

1441

1442

Administratívna príprava produkčného prostredia (procesy, dokumentácia)

1443

1444

Inštalácia riešenia do produkčného prostredia

1445

1446

Sprístupnenie riešenia v produkčnom prostredí vybraným používateľom

1447

1448

1449

**R4-2 Akceptácia spustenia do produkčnej prevádzky**

)))

|(((

**~ **

**M-02**

**Dokončovacia fáza projektu**

)))|(((

**~ **

**Manažérsky produkt**

1461

1462

M-02 Správa o dokončení projektu

1463

1464

M-02 Správa o získaných poznatkoch

1465

1466

M-02 Plán kontroly po odovzdaní projektu

1467

1468

M-02 Odporúčanie nadväzných krokov

1469

1470

M-02 Zoznam funkčných zdrojových kódov

1471

)))

1472

|**Služby projektového riadenia**|(((

1473

**~ **

1474

1475

**Manažérsky produkt**

M-01 Plán etapy

M-02 Manažérske správy, plány, reporty, zoznamy a požiadavky

1480

1481

M-03 Akceptačný protokol

M-04 Audit kvality

M-05 Analýza nákladov a prínosov

1486

1487

M-02 Zoznam rizík a závislostí

1488

)))

1489

1490

//Tabuľka 27 Výstupy projektu//

1. ODKAZY

Bez odkazov.

1. PRÍLOHY

**Príloha 1: **Zoznam rizík a závislostí (Excel): [[//https:~~/~~/www.mirri.gov.sk/sekcie/informatizacia/riadenie-kvality-qa/riadenie-kvality-qa/index.html//>>url:https://www.mirri.gov.sk/sekcie/informatizacia/riadenie-kvality-qa/riadenie-kvality-qa/index.html]]

// //

//Koniec dokumentu//

----

[[~[1~]>>path:#_ftnref1]] EUPL licencie: [[https:~~/~~/joinup.ec.europa.eu/sites/default/files/inline-files/EUPL%201_1%20Guidelines%20SK%20Joinup.pdf>>url:https://joinup.ec.europa.eu/sites/default/files/inline-files/EUPL%201_1%20Guidelines%20SK%20Joinup.pdf]]

Wiki zdrojový kód pre I-02 Projektový zámer (projektovy_zamer)